基于网络药理学及生物信息学探讨四虫片治疗下肢动脉硬化闭塞症膝下病变的潜在作用机制
Exploring the Potential Mechanism of Sichong Tablets in Treating Below-the-Knee Lesions of Lower Extremity Arteriosclerosis Obliterans Based on Network Pharmacology and Bioinformatics
摘要目的 基于网络药理学及生物信息学探讨四虫片治疗下肢动脉硬化闭塞症膝下病变的潜在作用机制.方法 通过中国知网、PubMed、Coremine、TCMSP等数据库检索、筛选四虫片药物有效成分及其靶基因.通过高通量基因表达数据库下载GSE100927 数据集,筛选膝下病变的差异表达基因(DEGs).将DEGs与加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得的基因模块取交集,获得膝下病变相关基因;然后与四虫片药物有效成分靶基因取交集,获得四虫片干预膝下病变的靶基因;运用 Cytoscape 3.10.1 软件构建药物-有效成分-疾病-靶基因网络.以靶基因为对象,运用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归、随机森林(RF)、支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE)及Boruta算法四种机器学习方法筛选四虫片干预膝下病变的核心靶基因,并进行GO功能及KEGG通路富集分析.使用AutoDock Vina 1.2.3 软件对四虫片干预膝下病变的有效成分与核心靶点进行分子对接,筛选出结合最稳定的对接构象.结果 筛选获得四虫片药物有效成分 119 个,靶基因 487 个;膝下病变的DEGs 295 个,其中差异表达上调基因 211 个,差异表达下调基因 84 个;DEGs与WGCNA筛选的基因模块取交集,获得膝下病变相关基因 210 个.将四虫片靶基因与膝下病变相关基因取交集,获得四虫片干预膝下病变的靶点 9 个.通过四种机器学习方法获得四虫片干预膝下病变的核心基因 6 个:PCDH12、COL1A1、CD68、PLCB2、CD36、DPP4.核心基因显著富集于血小板活化、脂质与动脉粥样硬化、脂肪的消化和吸收、胆固醇代谢等信号通路.PLCB2 与有效成分的结合能较低,而COL1A1、CD68、PLCB2、CD36、DPP4 等靶点与有效成分均能够有效结合,且亲和力较好.结论 四虫片可能通过Palmitate、Palmitic acid等活性成分,作用于COL1A1、PCDH12 等核心靶点,调控血小板活化、脂质与动脉粥样硬化等关键通路,发挥治疗膝下病变的潜在作用.
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