换一批基于ITS2一级序列和二级结构对土茯苓及混伪品的鉴别研究
Identification of Smilacis Glabrae Rhizoma and Its Adulterants Based on ITS2 Sequence and Secondary Structure
摘要目的:使中药材土茯苓与其混伪品得到有效区分,确保土茯苓药材临床用药安全.方法:采用内转录间隔区2(ITS2)一级序列联合二级结构信息鉴别土茯苓及其混伪品,收集土茯苓正品及混伪品30条ITS2序列,使用基于隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMM)的方法注释,采用MEGA 7.0比对序列,基于Kimura-2-Parameter模型计算种内、种间的遗传距离,并构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统发育树;通过ITS2 Database预测各品种的ITS2二级结构,利用4Sale软件进行二级结构的比对,运用ProfDistS软件基于距离法构建联合一级序列及其二级结构的剖面邻接(profile neighbor joining,PNJ)系统发育树.结果:土茯苓的平均ITS2序列长度为245 bp,平均碱基G+C占比为82.8％,各物种种间遗传距离均显著大于种内遗传距离,NJ系统发育树和PNJ系统发育树的物种分支关系基本一致,土茯苓与其各种混伪品均分别各自聚为一支,可以有效鉴别土茯苓正品与混伪品.结论:ITS2可以作为鉴定土茯苓及其混伪品的DNA条形码,结合二级结构信息可使基于ITS2一级结构结果得到修正和优化,为中药材土茯苓临床安全应用和质量评价提供了参考.
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分类号
R282.5（中药学）
栏目名称
DOI
10.13313/j.issn.1673-4890.20210622004
发布时间
2022-07-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
陕西省科技厅自然科学基础研究计划项目（2021JQ-782）
陕西省榆林市科学技术研究与开发项目（CXY-2020-092）
陕西省教育厅专项（21JK0900）
西安医学院校级科技创新团队项目（2021TD03）
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