天冬全长转录组测序分析

Sequencing and Analysis of the Full-length Transcriptome of Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.

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摘要目的:获得天冬Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.全长转录组数据库,为探索其活性成分生物合成提供参考.方法:利用RNA-Seq技术对天冬的根、茎、叶进行转录组测序并分析.结果:从天冬转录组中共获得 169 319 条 isoforms,最终有 147 762 条 isoforms在公共数据库中注释成功.非冗余蛋白(NR)数据库结果显示,天冬与石刁柏 Asparagus officinalis L.同源性最高;真核生物相邻类的聚簇(KOG)功能注释信息334 380 条,可分为 25 个基因功能大类;京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析显示,代谢相关的通路分布最多,为 74 095 条.在注释到的 54 个转录因子家族中,MYB家族数目最多,共 309 条.在所有isoform中共检测到 48 042 个简单重复序列位点,从单核苷酸到六核苷酸重复单元均有分布.结论:获得了较为可靠的天冬全长转录组数据,可为深入研究天冬生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持.

作者陈芷宁 ^[1] 韦范 ^[2] 韦坤华 ^[2] 梁莹 ^[2] 胡营 ^[2] 韦筱媚 ^[2] 林杨 ^[2] 汤丹峰 ^[2] 缪剑华 ^[2] 学术成果认领

作者单位广西壮族自治区药用植物园广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西南宁 530023;中国药科大学中药学院,江苏南京 211198 ^[1] 广西壮族自治区药用植物园广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西南宁 530023 ^[2]

关键词天冬全长转录组代谢途径转录因子 Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.full-length transcriptome metabolism pathway transcription factor

分类号 R282

栏目名称

基础研究

DOI 10.13313/j.issn.1673-4890.20230313002

发布时间 2023-09-08

基金项目

广西创新驱动发展专项（AA18242040）；广西科技计划项目（AD22080012）；对发展中国家科技援助项目（KY201904001）