换一批
换一批基于高通量测序的人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化转录组分析
Transcriptome Analysis in Color Formation of Artificially Cultivated Cordyceps sinensis Sclerotium before Stroma Development Based on High-throughput Sequencing
摘要目的:探索人工培殖冬虫夏草Cordyceps sinensis(BerK.)Sacc.外观品质形成的分子基础.方法:以重庆和康定人工培殖冬虫夏草僵虫为材料,利用Illumina Hiseq 2500 高通量测序技术进行转录组测序分析,基于差异倍数(FC)和错误发现率(FDR)筛选差异表达基因,具体筛选条件为|log2FC|>1、FDR<0.05.结果:共获得 21 942个转录本,利用DEGSeq筛选获得 1575 个差异表达基因,其中上调表达基因 626 个、下调表达基因 949 个;基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果显示,这些差异表达基因主要集中于氨基酸代谢、折叠-分选-降解、糖代谢、转运和分解代谢、辅酶因子和微生物代谢等途径;筛选到 66 个颜色变化差异表达基因,包含 46个氧化还原酶活性相关基因、12个过氧化物酶体相关基因、3个单加氧酶活性调节相关基因、3个黑化反应相关基因、2个活性氧代谢相关基因,其中tyr1、TYR基因可能是冬虫夏草僵虫颜色变化的关键功能基因.结论:利用高通量测序技术和生物信息分析获得了人工培殖冬虫夏草僵虫转录组信息特征,为阐明人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化的调控机制研究提供参考.
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关键词
冬虫夏草僵虫高通量测序转录组Cordyceps sinensis(BerK.)Sacc.C.sinensis sclerotium before stroma developmenthigh-throughput sequencingtranscriptome
分类号
R282
栏目名称
DOI
10.13313/j.issn.1673-4890.20221117004
发布时间
2023-10-10
基金项目
重庆市自然科学基金面上项目（CSTB2022NSCQ-MSX0874）；
重庆市自然科学基金面上项目（cstc2021jcyj-msxmX0762）；
重庆市中药研究院自主科技计划项目（zzkjjh2022006）；
重庆市基本科研业务费项目（cstc2020jxjl-jbky00004）；
重庆市技术创新与应用发展专项（cstc2020jscx-msxmX0102）；
重庆市中药研究院科研发展基金项目（ygfz20220008）
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