换一批基于全基因组重测序的陈皮及其近缘种遗传多样性研究
Whole-genome Resequencing Reveals the Genetic Diversity of Citrus reticulata and Its Related Species
摘要目的:通过全基因组重测序分析陈皮及其近缘种的群体结构和亲缘关系,为其种质资源鉴定与开发提供依据.方法:采集 45 份《中华人民共和国药典》(以下简称《中国药典》)1985 年版至 2025 年版中陈皮主要栽培品种及其近缘种的嫩叶进行DNA提取和建库测序,通过Sentieon 202503 软件对下机数据进行比对和变异检测,通过Plink 1.90b6.21 软件进行系统进化树构建和主成分分析(PCA),采用Admixture 1.3.0 软件分析陈皮群体结构,采用SweeD 4.0.0 软件进行选择信号分析,通过VCFtools 0.1.16 软件计算核苷酸多态性.结果:共检测到 11 274 136 个单核苷酸多态性(SNP)位点、1 843 256 个插入缺失(InDel)位点、38 881 个结构变异(SV)位点.系统发育分析、PCA和遗传结构分析均表明,陈皮可分为group1～group4 4 个群体.其中,《中国药典》1985年版至 2025 年版中收录的陈皮主要栽培品种来源于 2 个群体,茶枝柑、大红袍、福橘间遗传关系密切,来源于同一群体(group2),椪柑和砂糖橘也属于此群体;温州蜜柑属于另一群体(group3).在 4 个群体中均检测到群体选择信号,其中group4 选择信号最多.全基因组SNP数据分析表明,group4 的核苷酸多态性位点数最多.结论:全基因组重测序技术能够为陈皮基原鉴定与遗传多样性研究提供支持.椪柑、砂糖橘与《中国药典》1985 年版至2025 年版陈皮基原茶枝柑、大红袍、福橘亲缘关系较近,可作为潜在陈皮资源开展进一步研究.
更多相关知识
关键词
陈皮橘全基因组重测序遗传多样性Citri Reticulatae PericarpiumCitrus reticulata Blancowhole-genome resequencinggenetic diversity
分类号
R282.5（中药学）
栏目名称
DOI
10.13313/j.issn.1673-4890.20250923005
发布时间
2026-03-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
- 浏览7
- 被引0
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
