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摘要浮游动物是海域中分布较为广泛的类群之一，其种类及其数量众多，繁殖能力极强。作为海洋生态系统次级生产力的主要组成部分，浮游动物在海洋生态系统以及食物网中占据重要部位。首先，他们作为次级生产者参与生态系统物质循环与能量流动；此外，浮游动物对污染物很敏感，有积累和转移作用，因此其种类数量，群落变化等也是监测海洋生态毒理、海水环境和水系的重要指标。因此浮游动物的研究在渔业资源和生态环境调查中占据重要地位。目前，浮游动物的研究多偏向于生态学研究，遗传进化方面的研究开展相对缓慢。<br>　　长腹剑水蚤属（Oithona）作为海洋中小型桡足类最为丰富的类群之一，在海洋生态系统中同样具有重要的研究意义。目前对长腹剑水蚤（Oithona）的分类鉴定主要依据形态学数据为主，由于个体小且形态差异微小，通过传统的形态学分类法对其进行准确鉴定难度较大，并且形态学的鉴定会存在主观的偏差性，会造成鉴定的误差。另外，由于长腹剑水蚤（Oithona）游泳能力有限，不能跨海域活动，因此不同海域的种类间存在地理隔离，产生生殖隔离，这使得长腹剑水蚤属（Oithona）内存在隐种的分化，更加增大了形态鉴定增加的难度。目前，长腹剑水蚤（Oithona）的系统进化关系尚未明确，严重影响了长腹剑水蚤（Oithona）的深入研究。<br>　　本研究通过对长腹剑水蚤（Oithona）进行系统进化研究，揭示长腹剑水蚤属（Oithona）的进化关系，并且为种类鉴定提供分子数据。我们将本实验所的数据与GenBank中长腹剑水蚤属（Oithona）其他地区种类的基因序列进行比较分析，使用ABGD(Automatic Barcode Gap Discovery)模型和GMYC(Generalized Mixed Yule Coalescent)模型分别进行物种界定，并构建贝叶斯系统进化树。本研究的结论主要是以下几个方面：<br>　　1.基于28S rDNA和COⅠ基因序列，分别利用GMYC模型和ABGD模型对长腹剑水蚤（Oithona）进行物种界定，界定结果与形态学分类一致。说明了28S rDNA和COⅠ基因可作为标记基因对长腹剑水蚤（Oithona）进行种类鉴定，这为以后种类鉴定提供了分子数据。<br>　　2.28S rDNA基因的均转换/颠换（si/sv）数为1.39，转换数高于颠换数。mtCOⅠ基因序列的平均转换/颠换（si/sv）值为1.05，且主要发生在第一位点，要低于28S rDNA基因序列的数值，这与28S rDNA基因的保守性有关。<br>　　3.两种基因的碱基组成有各自的特点。28S rDNA 基因序列的各碱基组成基本相同，不存在碱基偏异性，碱基组成分别为A：21.2%，T：20.5%，C：25.7%， G：32.6%。而COⅠ基因序列中T：38.5%，C：19.5%，A：25.1%，G：16.9%，其中A+T（63.6%）含量明显高于G+C（36.4%）含量。28S rDNA相对于mtCOⅠ基因序列具有较高的保守位点和较低的变异位点和简约信息位，表现出较低的进化速度，具有较高的保守性。<br>　　4.mtCOⅠ基因序列的种间遗传距离为0.008-0.388，表明长腹剑水蚤（Oithona）种间遗传差异已经达到属间的分化范围，说明长腹剑水蚤属（Oithona）内的一些种类需要重新划分。基于28S rDNA基因序列的遗传距离范围为0.022-0.269，各种间显示出较近的的亲缘关系。这说明长腹剑水蚤属（Oithona）内各种间的28S rDNA差异很小，呈现出保守性。<br>　　5.mtCOⅠ基因的贝叶斯系统进化树结果显示，长腹剑水蚤（Oithona）存在明显的分化关系，简长腹剑水蚤(Oithona simplex)较早的分化出来,羽长腹剑水蚤（Oithona plumifera）与刺长腹剑水蚤（Oithona setigera）具有较近的亲缘关系。在28S rDNA系统进化树中，发现短角长腹剑水蚤(Oithona brevicornis)与小长腹剑水蚤 (Oithona nana)较早的分化出来。羽长腹剑水蚤（O. plumifera）,刺长腹剑水蚤（O. setigera）与瘦长腹剑水蚤(Oithona tenuis)表现出更近的分化时间，可能具有较近的亲缘关系。同时也说明两个基因均适用于该等级的分类阶元。