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摘要背景：<br>　　利用高通量测序（High-throughput sequencing）技术研究微生物组与人体健康和疾病是目前热门研究领域，但大部分研究主要是基于肠道微生物组菌群的研究。对于呼吸道微生物组研究刚刚起步，主要集中放在哮喘、慢性阻塞性肺疾病、支气管扩张等方向。但是关于肺部微生物组与 ARDS的关系，以及上消化道微生物组在呼吸道疾病发病时的作用的研究报道不多。采用高通量测序的方法分析ARDS患者呼吸道与上消化道微生物组构成和多样性改变的研究尚未见报道。<br>　　目的：<br>　　采用高通量测序技术分析气管插管机械通气治疗的 ARDS患者病程中呼吸道和上消化道内菌群和健康人群呼吸道菌群的构成、多样性分析，以及气管插管机械通气治疗过程中 ARDS患者呼吸道与上消化道内菌群动态变化过程，探讨细菌组演变规律。<br>　　方法：<br>　　2016年12月至 2017年 6月收集气管插管的 ARDS患者的肺泡灌洗液（BALF）和上消化道液（GJ），健康志愿者的 BALF（HB）的标本，按经典的酚-氯仿法萃取细菌总DNA，通过细菌 16S rDNA的 V4高变区进行扩增，构建各标本菌群的小片段文库，通过 Illumina HiSeq 高通量测序平台进行标本测序。生物信息学分析主要采用用软件 USEARCH （ v7.0.1090 ）进行物种分类的操作分类单元（Operational Taxonomic Units，OTU）的聚类；通过 RDP classifer（v2.2）软件将 OTU 代表序列与数据库比对进行物种注释，进而使用 mothur（v1.31.2）软件、QIIME（v1.80）软件、R（v3.1.1）语言、Metastats 软件和 Lefse软件，进行标本的物种复杂度分析和不同组间物种差异性分析及作图。<br>　　结果：<br>　　（1）本研究共采集了 7例气管插管的ARDS患者的肺泡灌洗液（BALF）和上消化道液（GJ），4例健康志愿者的BALF（HB）的标本，共收集标本39例。<br>　　（ 2 ） ARDS 患者与健康人肺内菌群构成有显著差异性，在门水平， Firmicutes （88.99% vs. 38.56%，p<0.05）在ARDS肺内显著增加，而Bacteroidetes（7.69%vs. 24.50%，p<0.05）和 Proteobacteria（2.55% vs. 10.54%，p<0.05）在 ARDS肺内显著减少。在纲水平， ARDS 患者与健康人肺内菌群构成有显著差异性， Bacilli （ 86.00% vs. 28.14%， p<0.05 ）在 ARDS 肺内显著增加，而 Clostridia （0.78% vs. 7.86%，p<0.05）在 ARDS 肺内显著减少。在目水平，ARDS 患者与健康人肺内菌群构成有显著差异性， Lactobacillales （ 27.09% vs.10.59%， p<0.05）在ARDS肺内显著增加，而 Clostridiales（0.78% vs. 7.86%，p<0.05）， Pasteurellales （ 0.07% vs.3.60%， p<0.05 ） ， Neisseriales （ 0.20% vs.3.26%， p<0.05）和 Burkholderiales（0.18% vs.1.66%，p<0.05）在 ARDS肺内显著减少。在科水平， ARDS 患者与健康人肺内菌群构成有显著差异性， Streptococcaceae （23.72% vs.7.55%，p<0.05）和 Carnobacteriaceae（1.55% vs0.57%，p<0.05）在ARDS 肺内显著增加，而 Bacteroidaceae （ 0.03% vs.3.61%， p<0.05 ） ， Pasteurellaceae （ 0.07% vs.3.60%， p<0.05 ） ， Neisseriaceae （ 0.20% vs.3.26%， p<0.05 ） ， Enterococcaceae （ 0.52% vs.2.06%， p<0.05 ）和 Porphyromonadaceae （0.14%vs.1.99%，p<0.05）在ARDS肺内显著减少。在属水平，ARDS患者与健康人肺内菌群构成有显著差异性，Carnobacterium（1.54% vs.0.56%，p<0.05）和Acinetobacter（0.58% vs.0.26%，p<0.05）在ARDS肺内显著增加，而Bacteroides （ 0.03% vs.3.61%， p<0.05 ） ， Haemophilus （ 0.07% vs.3.12%， p<0.05 ） ， Neisseriaceae（0.20% vs.3.26%，p<0.05），Neisseria（0.20% vs.3.10%，p<0.05）和Enterococcus（0.52% vs.2.06%，p<0.05）在ARDS肺内显著减少。在种水平，未发现ARDS患者与健康人肺内菌群构成有显著差异性的菌种。<br>　　（3）随着插管时间延长，在门水平， ARDS 患者肺内菌群中 Proteobacteria （ 2.55% vs. 74.65%， p<0.05 ）丰度明显增加， Firmicutes （ 88.99% vs. 9.81%， p<0.05）相对丰度减少。在纲水平，ARDS 患者肺内菌群中 Gammaproteobacteria （ 1.99% vs. 71.42%， p<0.05 ）丰度明显增加， Bacilli （ 86.00% vs. 8.96%， p<0.05 ）相对丰度减少。在目水平， ARDS 患者肺内菌群中 Pseudomonadales （ 1.43% vs.64.88%， p<0.05 ）丰度明显增加， Bacillales （ 58.91% vs. 2.38%， p<0.05）相对丰度减少。在科水平，ARDS患者肺内菌群中Moraxellaceae（0.67%vs.64.70%，p<0.05）丰度明显增加，Bacillaceae（57.20% vs. 0.14%，p<0.05），&nbsp;Carnobacteriaceae （ 1.55% vs. 0.02%， p<0.05 ） ， Pseudomonadaceae （ 0.77% vs. 0.19%， p<0.05 ）和 Leuconostocaceae （ 0.75% vs. 0.01%， p<0.05 ）相对丰度减少。在属水平， ARDS 患者肺内菌群中 Acinetobacter （ 0.58% vs.64.68%， p<0.05）丰度明显增加，Bacillus（39.33% vs. 0.09%，p<0.05），Oceanobacillus （16.65% vs. 0.0006%，p<0.05）和Carnobacterium（1.54% vs. 0.005%，p<0.05）相对丰度减少。<br>　　（4）ARDS患者上消化道内菌群在插管期间亦有变化，但是在门水平和纲水平改变并无显著统计学意义，在目水平上 Pseudomonadales （ 0.79% vs. 54.18%， p<0.05）相对丰度增加。在科水平上Moraxellaceae（0.58% vs. 54.12%，p<0.05）相对丰度增加。而在属水平上 Acinetobacter（0.53% vs. 53.70%，p<0.05）相对丰度增加。<br>　　（5）本研究观察原发病不同的 ARDS 患者的肺内菌群构成不同，原发病为脓毒血症的患者肺内菌群主要有 Bacteroidetes（50.44%）和 Firmicutes（43.34%）构成，而原发病为重症肺炎的患者肺内菌群主要有 Firmicutes（95.59%~97.10%）和Proteobacteria（2.21%~2.72%）构成。<br>　　结论：<br>　　ARDS 患者与健康对照组呼吸道内菌群存在明显的差异性，ARDS 患者的肺的菌群的多样性较健康对照组减少，呼吸道内 Proteobacteria的相对丰度明显增加。随着 ARDS患者气管插管的时间延长，ARDS患者肺和上消化道菌群相似性增加， ARDS 患者肺内和上消化道内菌群多样性减少。ARDS 肺内菌群的变化，提示ARDS 肺部菌群改变与疾病发生发展存在相关性，从微生物组的角度为疾病诊疗提供新的视角，可以为ARDS的合理诊疗提供依据。