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顺铂敏感与耐药肺腺癌差异miRNA表达的生物信息学分析

摘要背景:<br>  肺癌在我国已高居发病率及癌性致死率之首。近年来,肺腺癌(LUAD)的发病率已超过肺鳞癌,成为肺癌最主要的病理类型。同时,不断有新的癌症治疗方式提出,但在肺癌非手术治疗中,顺铂的应用依旧广泛,铂在抗肿瘤药中属于研发较早、临床应用较成熟的一种药物。然而,化疗常常由于内在的和获得性的耐药的限制,从而成为肺癌多学科联合治疗的最主要的障碍。因此寻找解决肿瘤顺铂耐药也成为临床工作者研究的热点。寻求解决肿瘤的药物耐受,miRNA介导的肿瘤顺铂耐药研究也成为人们的研究热点。大量研究证明,肿瘤的发生发展过程中miRNAs扮演着重要的角色, miRNAs的多态性及异常表达可导致癌细胞耐药相关通路的基因表达水平及肿瘤细胞周期发生改变,从而打破原有的平衡,进而改变肿瘤细胞对顺铂的敏感性。但是,在非小细胞肺癌(NSCLC),特别是在肺腺癌化疗药物耐受中,特定的miRNAs所扮演的角色及作用机制仍然不清楚。基于此,我们通过利用常规miRNA技术并结合GEO数据集完善的肺腺癌敏感/耐药细胞株及组织样本miRNAs芯片信息筛选出差异表达的miRNAs,通过一系列生物信息学的分析及评价,为顺铂耐药分子水平的作用机制提出假说。并为后续进行一系列横向水平的实验验证提供基础。并希冀成为逆转肺癌顺铂耐药的一项新发现。<br>  目的:<br>  以miRNA为着手点,旨在探寻相关特殊miRNAs在敏感与耐药肺腺癌中的差异性表达、潜在作用靶点和生物学功能,为肺癌顺铂耐药机制的研究提供一定的理论支持及指导。<br>  方法:<br>  1、利用GEO数据集下载GEO数据集肺腺癌顺铂敏感/耐药不同细胞系GEO_Cell line及组织标本GEO_Tissue数据信息。对检索结果进行电脑及人工分析,筛选并整理出相关耐药Vs药敏差异表达miRNAs集,并利用统计学工具进一步整理出同时在细胞株及组织标本中差异性表达的miRNAs。<br>  2、对差异性miRNAs进行靶基因预测,系统分析显著性功能、信号通路,构建miRNA-显著性功能-网络图、信号通路图。<br>  3、构建miRNA和基因的调控网络,确定核心调控的miRNA及其靶基因。<br>  4、MTT实验验证耐药肺癌细胞株细胞IC50,RT-qPCR 实验将上述差异 miRNA进行验证。<br>  结果:<br>  1、通过对数据库差异性表达miRNA进行分析,在细胞株及肺癌组织均有改变的miRNA共有7条(hsa-miR-29a-3p、hsa-miR-193b-3p、、hsa-miR-29c-3p、hsa-miR-21-3p、hsa-miR-26a-5p、hsa-miR-27b-3p、hsa-miR-767-5p)。其中hsa-miR-193b-3p在细胞株和肺癌组织中均表现为上调,余在组织和细胞株中呈相反表现。<br>  2、对以上差异性表达miRNAs进行靶基因预测和pathway、GO等生物信息学分析,寻求其显著功能改变和富集信号通路预测,显示对特定生物学过程产生影响。<br>  3、对以上实验结果进行初步的横向水平验证,显示与数据库结果基本一致。<br>  结论:<br>  1、在肺腺癌细胞株/组织中同时被调节的miRNA共7条,但处于同种被调节状态的miRNA仅为hsa-miR-193b-3p,RT-PCR验证与分析结果一致。<br>  2、以hsa-miR-193b-3p为主的差异性miRNA主要调节3个靶基因MMP14、LAMC1、OSMR,共参与14条信号转导通路,以PI3K?Akt signaling pathway、MAPK signaling pathway、mTOR signaling pathway三者最为显著。<br>  3、推断hsa-miR-193b-3p 等差异性miRNA通过对靶基因产生影响并参与以上信号通路调节肿瘤细胞多种生物学过程导致肺腺癌顺铂耐药的产生。

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