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低氧抑制胰腺癌转移相关基因的筛选

摘要[目的]通过生物信息学筛选低氧处理前后胰腺癌细胞中具有表达差异并与预后相关的基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1,实验验证这些基因在低氧处理和对照组人胰腺癌细胞中的表达,并研究低氧处理对胰腺癌细胞迁移和侵袭的影响,初步探讨这些基因作为胰腺癌早期发展和转移的重要诊断生物标志物和潜在治疗靶点的作用。<br>  [方法]<br>  1.生物信息学分析低氧处理前后胰腺癌细胞中具有高度转移潜能的差异基因,筛选出与预后相关的基因。<br>  2.采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1在人非恶性永生化胰腺细胞(HPDE细胞株)和人胰腺导管癌细胞(SW1990细胞株)以及低氧处理前后这些基因在具有高度转移潜能人胰腺癌细胞(l3.6pl细胞株)中的表达水平。<br>  3.采用划痕实验、Transwell迁移实验和Transwell侵袭实验观察低氧处理对l3.6pl细胞迁移和侵袭能力的影响。<br>  [结果]<br>  1.HPDE细胞和20种胰腺导管癌细胞之间的差异表达基因与具有高度转移潜能的胰腺癌细胞l3.6pl的正常氧和低氧环境之间的差异表达基因共298个(P<0.05,F>2)。<br>  2.将上述298个差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,GO包括生物过程(BP)、细胞成分(CC)和分子功能(MF)(P<0.05)。<br>  3.运用CytoscapeHubba中十二种算法和Oncomine数据库基因的表达水平以及Kaplan-Meier生存分析筛选出基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1。相比胰腺正常组织,COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1基因均在胰腺癌中高表达,并且COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1基因的表达水平均与胰腺癌患者的总生存期(OS)负相关,COL7A1、MET和SDC1基因的表达水平和无病生存期(RFS)负相关(P<0.05)。<br>  4.PCR(RT-qPCR)结果表明基因COL7A1和HIST1H2BD在HPDE细胞的表达水平高于SW1990细胞(P<0.05),这与生物信息学预测结果不一致。PCR(RT-qPCR)结果表明基因MET和SDC1在HPDE细胞的表达水平低于SW1990细胞(P<0.05),这与生物信息学预测结果一致。基因COL7A1、HIST1H2BD、MET和SDC1在l3.6pl细胞低氧处理后表达水平均低于对照组(P<0.05),这与生物信息学预测结果一致,表明低氧抑制这些基因的表达水平。<br>  5.划痕实验结果表明低氧处理后人胰腺癌细胞(l3.6pl细胞)的伤口愈合能力低于对照组(P<0.05),Transwell迁移实验结果表明低氧处理后人胰腺癌细胞(l3.6pl细胞)的迁移能力低于对照组(P<0.05),Transwell侵袭实验结果表明低氧处理后人胰腺癌细胞(l3.6pl细胞)的侵袭能力低于对照组(P<0.05)。<br>  [结论]<br>  1.本研究初步筛选出MET和SDC1为胰腺癌转移相关的靶基因;<br>  2.低氧抑制胰腺癌细胞的转移能力,其机制可能是低氧抑制了MET和SDC1的表达,从而影响胰腺癌转移的相关途径。

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