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摘要红藻（Rhodophyta）是一种在世界热带和亚热带地区广泛分布的古老藻种，有着重要的生态价值和广泛的经济价值，得到国内外研究者的广泛青睐。龙须菜（Gracilariopsislemaneiformis）与蜈蚣藻（Grateloupia）均为红藻门中最具开发潜力的红藻，在药学、医学、农业、食品等领域具有良好的应用前景。<br>　　因具有复杂多变的形态特征，蜈蚣藻物种的区分和鉴定工作面临着重大挑战。本研究在中国的三个地区（青岛、威海、广东）采集了249株蜈蚣藻混合样品，利用DNA条形码技术，基于rbcL序列构建了系统发育树，鉴定发现了6个蜈蚣藻物种（G.filicina，G.divaricata，G.turuturu，G.lanceolata，G.livida，G.fastigiata）。G.fastigiata和G.asiatica处在进化树上相近的位置，且rbcL序列差异范围在0.1%-0.2%处于种内范围，因此认为G.fastigiata和G.asiatica为同一物种。此外，本研究在此6个蜈蚣藻物种中对已开发的40对蜈蚣藻SSR引物进行了通用性检测，发现仅有其中的11个位点可用于G.fastigiata的遗传多样性研究。基于SSR的群体遗传学分析发现，来自青岛G.fastigiata的5个不同地理种群间遗传分化极小，基因交流频繁，可作为一个青岛G.fastigiata群体进行群体遗传学研究，研究发现青岛G.fastigiata显示出丰富遗传多样性。<br>　　利用MSAP技术，对龙须菜的不同级分支进行了基因组DNA甲基化水平检测，发现DNA甲基化水平在不同级分支间存在差异，全甲基化水平和总甲基化水平在龙须菜二级分支中最低，在三级分支中最高，半甲基化水平则无差异。为龙须菜DNA甲基化研究积累了经验：在龙须菜DNA甲基化研究中，取样位置的设置应处于同级分支，否则不同级分支间本身存在的DNA甲基化水平差异会影响研究结果的准确性。<br>　　探究了温度胁迫对龙须菜全基因组DNA甲基化水平的影响，以22℃处理样品为对照组，10℃条件下的样品为低温胁迫实验组，26℃下的为高温胁迫实验组，利用MSAP技术检测发现，温度胁迫下龙须菜DNA全甲基化水平和总甲基化水平均有升高。半甲基化水平则随温度的升高呈上升趋势。相比起低温胁迫，高温胁迫能引起更多的位点发生甲基化或去甲基化的改变。这些DNA甲基化水平的改变可能与龙须菜的环境适应能力相关。<br>　　利用MSAP技术分析了龙须菜981品系和鲁龙1号品系的不同发育阶段中的DNA甲基化水平的变化情况，发现981品系的半甲基化水平在Ⅲ阶段发生了不同于鲁龙1号的骤然上升。这可能与龙须菜981在第Ⅲ阶段释放四分孢子数量较少有关。除特殊的第Ⅲ发育阶段外，在其它发育阶段中，龙须菜981品系的半甲基化水平、全甲基化水平、总甲基化水平均低于鲁龙1号。在龙须菜发育过程中，鲁龙1号和981品系间呈现出表观遗传调控上的差异。<br>　　除此之外，本文从转录组数据中挖掘出可能与龙须菜育性相关的hsp和gln基因。对基因上游序列进行了启动子预测分析，发现两基因表达均可能受缺氧、光照、茉莉酸甲酯等因素以及其它植物激素调控影响。追踪检测了两基因在981品系和鲁龙1号品系的发育过程中表达水平的变化情况，发现在不同品系中hsp和gln基因的表达水平均呈现相似的变化趋势，为hsp和gln可能为龙须菜育性相关基因的这一推测提供了证据。虽然变化趋势相同，但在鲁龙1号中hsp和gln基因的表达水平的变化程度仍存在差异。这种基因表达水平上的差异可能与龙须菜两品系不同的育性表现相关，但这些推测均还需要后续工作继续探究。基因上游序列的获得和启动子预测分析，为后续研究DNA甲基化水平是否参与了hsp和gln基因的表达调控奠定了基础。