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宏基因组揭示北欧海病毒群落结构与水文特征之间的关系

摘要浮游病毒是海洋生态系统中一类重要的生物,不仅总量极大,而且还能够在较大程度上影响海水中的微生物群落结构,以及地球化学循环。宏基因组学是目前研究海洋病毒群落总基因组的有效方法。为了较为深入地了解并探讨北欧海表层海水中的病毒群落结构,以及其与环境因子之间的关系,我们在2015年6月分别在四个不同的水体(暖流上,暖流环流的海盆中,寒暖交汇水体和寒流环流的海盆中)中取了七个病毒宏基因组样品。针对病毒宏基因组中的cleanreads进行拼接,各站位得到18660至31626个contig,其中有23.73%至39.66%的contig能够在病毒参考序列蛋白库(viralreferenceproteinsequencedatabase)中显著比对上,在格陵兰海盆中的站位CB中存在大量未知病毒,可能是由于冰川融水中的病毒大多不为人所知,夏季融水通过寒流将其带至北欧海。绝大多数比对上病毒的序列属于双链DNA病毒(dsDNAvirus,97.40%),其中肌尾噬菌体科(Myoviridae,25.07%)、藻DNA病毒科(Phycodnaviridae,17.46%)、短尾病毒科(Podoviridae16.23%)、长尾病毒科(Siphoviridae,12.55%)和拟菌病毒科(Mimiviridae,9.03%)五个病毒科在七个站位的病毒宏基因组中占据优势,藻DNA病毒科和拟菌病毒科所占比例比较高,更接近于极地水体病毒宏基因组的特征。最具优势的病毒种为PelagibacterphageHTVC008M(4.08%)。分析发现,样品中含有较高比例的巨病毒(giantvirus)序列,它们很有可能来自于冰川融水中,并呈现“在温度低的水体中比例高,温度高的水体中比例较低”的趋势,此趋势与藻DNA病毒所占比例的变化趋势相一致。以宿主区分病毒类群,Pelagibacterphage的所占比例最高,而其中仅包含四个物种,聚球藻噬菌体和原绿球藻噬菌体也占较大比例,其宿主均为海洋生态系统中的重要初级生产力,而原绿球藻一般分布于热带和亚热带海域。北欧海病毒宏基因组中,病毒末端酶大亚基的进化关系中找到一支可能属于短尾噬菌体的未知病毒类群,另外,以主要衣壳蛋白建立的系统进化关系分析结果中,两支进化关系与已知病毒较远的、进化地位较古老的新病毒类群被找到。基于Bray-Curtis四核苷酸频度差异的病毒宏基因组聚类分析显示了不同水体中的病毒群落结构呈现明显的区别。在北欧海表层海水中,四种水体的不同特征是影响病毒群落结构的最主要因素,而水温同样是重要的影响因素之一,溶解氧含量和盐度的影响相对较小。实验方法和数据处理过程中仍然存在一些缺陷,有待进一步更新。此研究第一次阐述了北欧海域病毒群落结构的特征,这一处于北大西洋和北冰洋交界的水域,既具有极地水域的病毒宏基因组性质,同时也具有大西洋暖流带来的暖温带水域病毒宏基因组性质。研究结果证明了病毒宏基因组和水文特征存在较为明显的关系,而且病毒群落结构也能够反映洋流的特殊属性。

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导师 汪岷
发布时间 2022-04-13(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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