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西太平洋富钴结壳区可培养厌氧菌多样性及4株厌氧新菌的分类鉴定

摘要海洋,作为地球生态系统的重要组成部分,蕴含的生物资源占全球总生物量的百分之八十。海洋微生物种类丰富,功能多样且地位重要。据估计,海洋中的微生物总量可高达2亿种,但目前已经获得分离培养并完成鉴定的海洋微生物仅占总量的1%。尤其是深海,其高压、低温、无光等极端环境特征限制了人们对深海微生物资源的探索。故对极端海洋环境微生物进行研究,有助于探究海洋生态系统的物质循环和元素流动方式,并对生物活性资源的开发以及海洋环境治理都有重要意义。<br>  西太平洋海山区的富钴结壳矿区,资源总量巨大,极具商业开采前景。三沙永乐龙洞(SanshaYongleBlueHole),地处西沙群岛永乐环礁晋卿岛与石屿礁礁盘之间,是世界上已知最深的海洋蓝洞。其内部为静水水体,与外界隔绝,水深约100m以下为无氧环境,生活着大量厌氧菌。马里亚纳海沟(MarianaTrench)是世界上最深的海沟,位于西北太平洋,最主要的特征是低温和超高压环境。本论文对来自西太平洋富钴结壳区的样品进行了厌氧细菌的富集培养、分离纯化和鉴定,并对可培养细菌多样性进行了分析;同时对从三沙永乐龙洞分离的3株潜在厌氧新菌及马里亚纳海沟获得的1株潜在厌氧新菌分别进行了多相分类学鉴定,确定了其分类地位。<br>  本文利用厌氧2216E和含有硝酸盐、硫酸盐等不同底物的4种SPG厌氧培养基,从西太平洋富钴结壳区4个站位共11个水层样品中分离得到652株厌氧细菌,根据RFLP分析结果,选择其中的84株进行16SrRNA基因测序,测序结果表明这些菌株分别属于4个门,19个属,21个种。四个门分别为:变形菌门(Proteobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。其中,有326株属变形菌门,分布于4个纲,11个属,11个种;厚壁菌门为4个属,4个种,有237株;拟杆菌门和放线菌门分别有73株和16株,各包含3属4个种和1属2个种。显著优势类群为变形菌门,占总菌数的50%,其中γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)为优势纲,共分离209株,占总菌数32%。厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门分别占总菌数的36%,11%和3%。<br>  本研究对分离自三沙永乐龙洞的3株潜在厌氧新菌和分离自马里亚纳海沟的1amp;nbsp;株潜在厌氧新菌分别进行了多相分类学鉴定。JC010T分离自三沙永乐龙洞160m海水,是脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的一个新种,命名为蓝洞脱硫弧菌(Desulfovibriocaeruleilacunaesp.nov.)。该菌株为革兰氏阴性菌,专性厌氧,极生鞭毛,有运动能力。菌体呈弧状,长度约为2.0-3.0μm,宽度约为0.5-0.7μm。厌氧2216E固体培养基上28℃培养48h后,菌落呈深褐色圆形,边缘平整,表面光滑,菌落直径约为1.0-1.5mm。生长温度范围4-37℃(最适温度28℃)。盐度耐受范围1.0-5.5%(w/v)(最适盐度4.0%),pH耐受范围4.0-9.0(最适pH=7.0)。JC010T的主要呼吸醌为甲基萘醌-7(MK-7);主要脂肪酸(含量gt;10%)为C16:0、iso-C15:0、Summedfeatures3(C16:1ω6c/C16:1ω7c)和Summedfeatures9(iso-C17:1ω9c)。主要极性脂包括1种卵磷脂(PC)、1种磷脂酰乙醇胺(PE)、1种磷脂酰甘油(PG)和2种磷脂(PL1-2)。该菌氧化酶和过氧化氢酶均呈阴性,可以水解酪蛋白、褐藻胶和纤维素,但对吐温-20、吐温-40、吐温-80、明胶、淀粉、几丁质和DNA无水解活性。该菌株的基因组大小为3.9Mbp,DNAG+C含量为49.8mol%。<br>  JC022T分离自三沙永乐龙洞190m海水样品,是脱硫弧菌属的一个新种,命名为海大脱硫弧菌(Desulfovibriooucaesp.nov)。该菌株为革兰氏阴性菌,专性厌氧,具极生鞭毛,有运动能力。在透射电子显微镜下,菌体呈弧状,长度约为5.0-6.0μm,宽度约为0.8-1.0μm。厌氧2216E固体培养基上28℃培养72h,菌落呈黑褐色圆形,中央凸起,边缘规则,菌落直径约为1-2mm。生长的温度范围10-37℃(最适温度为28℃)。盐度耐受范围2.6-6.0%(w/v)(最适盐度为3.0%),pH耐受范围4.0-8.0(最适pH=7.0)。JC022T的主要呼吸醌为甲基萘醌-7(MK-7);主要的脂肪酸(含量gt;10%)为C16:0、iso-C15:0、Summedfeatures3(C16:1ω6c/C16:1ω7c)和Summedfeatures9(iso-C17:1ω9c)。主要的极性脂质包括1种磷脂酰乙醇胺(PE)、1种磷脂酰甘油(PG)、1种卵磷脂(PC)、2种磷脂(PL1-2)和3种未分类的极性脂(L1-3)。该菌氧化酶和过氧化氢酶均呈阴性,不能水解吐温-40、-80、酪蛋白、褐藻胶、几丁质、明胶及DNA,但能对吐温-20、淀粉和纤维素的水解呈阳性。该菌株的基因组大小为4.5Mbp,DNAG+C含量为48.0mol%。<br>  JC047T分离自三沙永乐龙洞190m海水样品,是假脱硫弧菌属(Pseudodesulfovibrio)的一个新种,命名为南海假脱硫弧菌(Pseudodesulfovibrionanhaiensissp.nov)。该菌为革兰氏阴性菌,严格厌氧,具极生鞭毛,有运动能力。在透射电子显微镜下,菌体呈弧状,长度约为2.0-5.0μm,宽度约为0.5-0.9μm。厌氧2216E固体培养基上28℃培养48h,菌落呈浅褐色圆形,边缘规则且表面光滑,菌落直径约为0.8-1.0mm。生长温度范围4-45℃(最适生长温度为28℃);盐度耐受范围2.0-6.0%(w/v)(最适盐度为3.0%);pH耐受范围5.0-9.0(最适pH=6.0)。通过酶活测定,该菌株对氧化酶,过氧化氢酶呈阴性反应,不能水解吐温-40、吐温-80、淀粉、酪蛋白、纤维素、几丁质和DNA,但对吐温-20,明胶和褐藻胶的水解呈阳性。JC047T的主要呼吸醌为甲基萘醌-7(MK-7);主要的脂肪酸(含量>10%)种类为iso-C15:0、iso-C17:0、anteiso-C15:0、anteiso-C17:1ω9c和Summedfeatures9(iso-C17:1ω9c)。主要的极性脂包括1种卵磷脂(PC)、1种磷脂酰乙醇胺(PE)、1种磷脂酰甘油(PG)和2种磷脂(PL1-2)。该菌株的基因组大小为3.6Mbp,DNAG+C含量为52.1mol%。<br>  TY007T分离自马里亚纳海沟6300m处沉积物样品,是具柄菌属(Muricauda)的一个新种,将其命名为嗜热具柄菌(Muricaudathermophilussp.nov)。该菌为革兰氏阴性菌,兼性厌氧,无鞭毛,不具运动能力。厌氧2216E固体培养基上37℃培养48h,菌落呈米黄色圆形,边缘平整且表面光滑,菌落直径约为1.0-1.2mm。在透射电子显微镜下,菌体呈杆状,具有菌柄,长度约2.3-3.0μm,宽度约为0.4-0.5μm。生长温度范围10-42℃(最适生长温度为37℃);盐度耐受范围0.5-6.5%(w/v)(最适为3.0%);pH耐受范围5.0-9.0(最适pH=7.0)。通过酶活测定,该菌株对氧化酶,过氧化氢酶呈阴性反应,不能水解吐温-20、吐温-40、吐温-80、明胶、纤维素、褐藻胶、几丁质和DNA,但对淀粉和酪蛋白的水解呈阳性。TY007T的主要呼吸醌为甲基萘醌-6(MK-6);主要的脂肪酸(含量>10%)种类为iso-C15:0和iso-C15:1G;主要的极性脂种类包括1种磷脂酰乙醇胺(PE)、1种磷脂(PL)、2种氨基脂质(AL1-2)和2种未知脂类(L1-2)。该菌株的基因组大小为4.4Mbp,DNAG+C含量为41.6mol%。

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导师 史晓翀
分类号 Q939.1
发布时间 2022-04-20(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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