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ATP6V1C2自噬基因在结肠癌中的表达及其临床意义

摘要目的:本研究旨在筛选出结肠癌(Coloncancer,CC)患者的肿瘤组织和邻近肿瘤的正常组织中存在差异性表达的自噬相关基因(Autophagy-RelatedGenes,ATGs),并通过构建预后指数评分模型(PrognosticIndexScoreModel,PIS)进一步分析筛选出与结肠恶性肿瘤预后相关的关键基因,并分析其在结肠恶性肿瘤患者的表达水平。<br>  方法:(1)从人类自噬数据库(HumanAutophagyDatabase,HADb)和分子特征数据库(MolecularSignaturesDatabase,MSigDB)获得ATGs,经过取上述两个数据库基因的并集获得总的ATGs,并绘制相应的韦恩图(Venndiagram)。下载并提取了癌症基因组图谱(Thecancergenomeatlas,TCGA)数据库中结肠恶性肿瘤患者肿瘤组和正常组织组的转录RNA-seq表达谱数据及其临床数据等信息,并利用R软件"Limma"包对RNA-seq表达量进行Wilcoxon秩和检验,进一步根据错误发现率和肿瘤组和正常组织组的表达量差异倍数取以2为底的对数的绝对值(即FalseDiscoveryRate,FDR<0.05;|log2FoldChange|,|log2FC|>1)筛选出具有一系列具有显著差异性表达的自噬相关基因(DifferentiallyExpressedAutophagy-RelatedGenes,DEATGs),绘制相关火山图、箱线图。通过R软件"ClusterProfiler、Enrichplot、Ggplot2"包对DEATGs进行基因本体论(GeneOntology,GO)功能注释以及京都基因和基因组百科全书(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)信号通路富集分析(P<0.05)。在String数据库上绘制DEATGs蛋白-蛋白互作网络图(Protein-ProteinNetwork),获得相互作用最强的DEATGs。<br>  (2)结合结肠恶性肿瘤患者的生存数据(包括生存时间和生存状态)及DEATGs表达水平,采用单因素Cox和多因素Cox比例风险回归分析确定影响结肠恶性肿瘤患者的生存预后的关键基因,应用R软件(v3.6.1)的“Survival”包对数据构建预后指数评分模型(PrognosticIndexScoreModel,PIS),PIS=(DEATGs表达量及各基因相关系数β的乘积总和)。根据PIS中位值分为高风险组(HighRisk)和低风险组(LowRisk),绘制生存曲线(Kaplan–Meier,KM)证实两组不同风险度的结肠恶性肿瘤生存预后的差异(P<0.05),并绘制风险热图、生存状态图和风险曲线图。根据临床参数对388例结肠恶性肿瘤患者进行分组,使用SPSS(v20.0)软件,采用t检验(方差齐)或秩和检验(方差不齐)对关键基因的表达差异进行分析(以P<0.05为差异有统计学意义)。进一步采用GEPIA(GeneExpressionProfilingInteractiveAnalysis,GEPIA)(http://gepia.cancer-pku.cn/)数据库根据选定ATP6V1C2的表达量中位值分为过度表达组和低表达组,绘制多种肿瘤的Kaplan-Meier生存曲线,验证关键基因与结肠恶性肿瘤患者生存预后的相关性。<br>  (3)收集了26例在广西医科大学第一附属医院行结肠恶性肿瘤切除术并术后经病理确诊为结肠恶性肿瘤患者的肿瘤组织和邻近肿瘤的正常组织标本。使用Trizol法分别提取出肿瘤组织与正常组织标本的总RNA,并通过实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitativeReal-Timepolymerasechainreaction,qRT-PCR)证实关键基因在两个组织标本分组中的表达差异。进一步对上述收集的结肠恶性肿瘤患者进行关键基因与患者临床参数关系分析。<br>  结果:(1)从HADb数据库和MSigDB数据库一共获得的601个ATGs中筛选出的85个DEATGs,GO注释和KEGG信号通路分析富集在多条自噬及细胞凋亡相关的信号通路上(FDR<0.05,|log2FC|>1)。其中DEATGs主要参与到自噬、巨自噬和自噬调节机制等生物学过程(BiologicalProcess,BP);同时,DEATGs主要构成了线粒体外膜、细胞器外膜与细胞外膜等细胞组成(CellularComponent,CC);泛素蛋白连接酶的结合、泛素样蛋白连接酶结合及蛋白磷酸酶2A结合是DEATGs最为显著性富集的前3个分子功能(MolecularFunction,MF);此外,凋亡线粒体的变化、内源性凋亡信号通路和通过死亡结构域受体的外源性凋亡信号通路等调控细胞凋亡生物学过程都与DEATGs具有显著相关性。DEATGs参与的KEGG通路有p53信号通路、细胞凋亡以及铂类化疗药物耐药等过程。PPI提示参与编码液泡型ATP酶成分的V-ATPase家族有明显的功能性蛋白相互作用。<br>  (2)单因素Cox比例风险回归分析从85个DEATGs中筛选出12个与结肠恶性肿瘤患者预后显著相关的DEATGs(DYNC1I1,MAPK15,ATP6V1B1,UCHL1,LEP,CDKN2A,MAP1LC3C,ATP6V1G2,LZTS1,VPS37D,ATP6V1C2,TUBA4B)(P<0.05,危险比HazardRatio,HR>1)。进一步多因素Cox比例风险回归分析提示4个与结肠恶性肿瘤患者预后具有一定相关性的DEATGs(ATP6V1B1,UCHL1,ATP6V1C2,TUBA4B)。其中,ATP6V1B1、UCHL1、ATP6V1C2具有显著相关性,与患者预后的关键基因基因(P<0.05,HR>1)。经PIS预后模型绘制的KM生存曲线提示了高风险组获得的生存时间较低风险组短,最大生存时间为8年。风险状态图、风险曲线图揭示了风险越高,死亡的结肠恶性肿瘤患者越多,风险热图显示了高危组中ATP6V1B1、TUBA4B、UCHL1、ATP6V1C2表达量有升高趋势。独立样本t检验(方差齐)或秩和检验(方差不齐)分析更进一步揭示ATP6V1C2过度表达与患者的肿瘤分期、淋巴结转移程度及有无远处转移成正相关(P=0.003,P=0.033,P=0.039);UCHL1过度表达与患者的肿瘤分期、原发肿瘤浸润深度及淋巴结转移程度成正相关(P=0.017,P=0.001,P=0.002);未发现ATP6V1B1、TUBA4B表达量与患者的临床参数具有相关性(P>0.05)。在GEPIA数据库中,ATP6V1C2高水平表达在肾上腺皮质癌(ACC)、结肠腺癌(COAD)、肾透明细胞癌(KIRC)、低级别脑胶质瘤(LGG)生存预后较ATP6V1C2低水平表达差;ATP6V1C2的过度表达更容易在头颈部鳞状细胞癌(HNSC)获益(P<0.05)。<br>  (3)qRT-PCR进一步证实自噬基因ATP6V1C2在结肠恶性肿瘤的肿瘤组织中表达水平显著高于正常组织(P<0.01)。病理分期为Ⅲ~Ⅳ期、淋巴结发生转移、远处器官转移、术中肿瘤侵犯神经以及术后经病理免疫组化确认Ki-67大于60%的结肠恶性肿瘤患者ATP6V1C2表达水平较为明显。<br>  结论:(1)液泡型H+腺苷三磷酸酶(V-ATPase)家族可能与结肠恶性肿瘤自噬调控具有相关性。<br>  (2)生物信息学发现ATP6V1C2在结肠恶性肿瘤患者肿瘤组织中的表达高于邻近肿瘤的正常组织,并且其可能与患者的肿瘤病理分期、淋巴结转移程度及有无远处转移具有相关性。<br>  (3)qRT-PCR证实ATP6V1C2在结肠恶性肿瘤患者肿瘤组织中表达明显高于邻近肿瘤的正常组织,与生物信息学大数据统计分析的预测结果相符。<br>  (4)病理分期为Ⅲ~Ⅳ期、淋巴结发生转移、远处器官转移、术前肿瘤侵犯神经以及经病理免疫组化确认Ki-67大于60%的结肠恶性肿瘤患者与ATP6V1C2过度表达具有相关趋势。

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