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LncRNA LHFPL3-AS2在非小细胞肺癌的表达及临床意义的研究

摘要目的:本研究旨在探索LncRNALHFPL3-AS2在NSCLC的表达情况及临床意义,分析相关分子功能及作用机制。因为非小细胞肺癌中肺腺癌(lungadenocarcinoma,LUAD)和肺鳞癌(lungsquamouscellcarcinoma,LUSC)两种主要分型的生物学特性不同,本研究分别对LHFPL3-AS2在LUSC和LUAD的作用进行了研究。<br>  方法:本研究获取了全球RNA-seq数据和基因芯片,主要是通过多个数据库如TCGA、GEO、ArrayExpress数据库及文献等层层筛选获得。通过综合分析获取的RNA-seq数据和基因芯片数据集来了解LHFPL3-AS2在NSCLC的表达水平及临床意义,并采用K-M法绘制生存曲线。我们通过edgeR包、Limma包分别筛选了纳入研究的RNA-seq数据、基因芯片的差异基因,并采用pearson相关系数计算了LHFPL3-AS2相关基因。本研究充分考虑基因的基因邻域、基因共现及蛋白质同源性等特性,利用Clusterprofiler包对下调基因和正相关基因的交集基因进行了富集分析以及采用STRING分析蛋白质互作网络(proteinproteininteractionnetwork,PPI)以探索NSCLC潜在的基因调控网络。<br>  结果:本研究通过筛查全球多个数据库及文献之后获得了全球共7个LUSC数据集和9个LUAD数据集,包括了641例LUSC组织和156非癌组织、978例LUAD组织和184非癌组织样本,随后我们对其进行了系统性荟萃分析。结果表明LHFPL3-AS2在LUAD和LUSC组织中与非癌组织相比均表达下调(SMD=-1.21,95%CI:-2.01-0.42,p<0.001),然而在年龄、性别、肿瘤大小、淋巴转移、远处转移等中表达无显著差异。总受试者诊断曲线(summaryreceiveroperatingcharacteristic,sROC)的曲线下面积(AreaUndertheROCCurve,AUC)大于0.9。这表明了LHFPL3-AS2具有一定的区别癌组织和非癌组织的能力。K-M曲线显示LUAD中LHFPL3-AS2高表达患者总生存期更长(Lowexpressioncohort(months)vsHighexpressioncohort(months):68-175)。富集分析提示NSCLC的富集通路和细胞粘附分子相关。CDH5和PECAM1被认为是基因调控网络中的重要基因。<br>  结论:大数据初步证实LHFPL3-AS2在LUAD和LUSC组织中均呈低表达,可能在NSCLC中发挥抑癌基因的作用。LUAD中,LHFPL3-AS2低表达提示LUAD预后不良。LHFPL3-AS2可能通过细胞粘附分子在NSCLC的发展中发挥作用,但仍需进一步的研究。

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