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摘要三阴性乳腺癌（Triple-negativebreastcancer,TNBC）是一种复发率高、存活率低的异质性乳腺癌，特征是缺乏雌激素受体，孕激素受体和人表皮生长因子2受体的表达。目前化疗是TNBC最有效的治疗方法，然而在治疗后，TNBC也可能会在身体其他部位复发，通常在化疗完成后的前3到5年内复发风险最高，因而需要新的分子靶点来参与患者预后。之前的研究表明了mRNA剪接失调、聚腺苷酸化异常调控以及DNA损伤反应失调均是TNBC的病理因素，也报道了基于机器学习方法的生物信息学分析得到了广泛的应用。因此本文主要利用生物信息学方法探究基于以上生物学特征的TNBC患者的预后情况，探索其调节机制并探讨开发针对TNBC新疗法的可能性。<br>　　本研究利用生物信息学分析的一系列方法，分别基于mRNA可变剪切（alternativesplicing,AS）特征、可变聚腺苷酸化（alternativepolyadenylation,APA）特征、DNA损伤修复相关特征对TCGA和NCBI-SRA数据库中的TNBC样本生存预后进行了一系列回顾性研究。主要工作和创新点由以下三部分构成：<br>　　首先，本研究收集了150例来自TCGA数据库的TNBC样本。第一，应用单因素Cox回归分析，共鉴定了546个与无复发生存（recurrencefreesurvival,RFS）预后相关的剪切事件，通过基因富集工具Metascape分析其亲本基因，发现其在剪接和TNBC相关的通路中显著富集。第二，使用Lasso方法选择信息最多的RFS相关事件作为RFS预后的AS风险因子，并在全部数据和不同临床亚组中通过KM和ROC曲线进行预后风险评估，其中7个RFS相关AS事件被整合成一个风险因子，他们既各自展现出显著的预后能力，又结合临床因素治疗表现出更好的生存预后。第三，本研究分析了剪切因子基因（splicingfactors,SFs）和这些RFS相关的AS事件之间的关系，发现SFs调控剪切事件进而影响患者预后。此外，证实了7个与RFS相关的AS事件对TNBC的总生存预后也具有有效性和可移植性。<br>　　其次，本研究通过对352例来自NCBI-SRA数据库的TNBC样本进行全基因组分析，确定了TNBC患者中的UTR-APA亚型，并确定了一个高效的APA风险因子作为TNBC生存指标，在训练集（248例TNBC样本）中测试其预测准确性，并在测试集（104例TNBC样本）中进行测试。最后通过将APA特征与临床病理特征相结合，开发出用于TNBC患者RFS预后的预测模型，该模型在训练集和测试集中的一致性指数（C-index）值分别为0.754（95%CI:0.676-0.832）和0.722（95%CI:0.575-0.869）。<br>　　最后，本研究在TCGA（150例癌症和11例癌旁）和NCBI-SRA（352例癌症）数据库中的TNBC样本中展开分析。通过基因差异表达和单因素Cox回归分析得到10个差异表达且生存相关的DNA损伤反应相关基因，之后使用多因素Cox分析将其整合成一个DNA损伤反应相关风险因子，该风险因子对于患者一、三、五年RFS时间预测的准确率分别为0.70、0.71和0.75，在测试集中分别为0.67、0.59和0.63。最后综合DNA损伤反应相关风险因子和临床病理特征构建了用于预测TNBC患者RFS概率的预后模型，该模型在训练集和测试集中的C-index值分别为0.80（95%CI:0.72-0.88）和0.58（95%CI:0.50-0.66）。<br>　　综上所述，本研究相关结果为深入探究TNBC的恶性进展提供了新的思路，为TNBC患者的个性化临床治疗提供了可能方向。