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肿瘤突变负荷预测免疫检查点抑制剂疗效及其在胃癌中相关突变基因筛选

摘要目的:免疫检查点抑制剂(Immunecheckpointinhibitors,ICIs)并非对所有肿瘤患者都有效,肿瘤突变负荷(Tumormutationalburden,TMB)被认为是预测免疫治疗应答和效果极具潜力的肿瘤标志物(tumormarker,TM)。然而,特定基因的突变与TMB以及患者预后之间的关系仍不清楚,其是否可以作为ICIs疗效的预测性TM也是未知的。在此,本研究进行了系统评价和meta分析以探索TMB是否的确可以作为接受ICIs治疗的癌症患者尤其是胃癌患者潜在的预后生物标志物;并且通过生物信息学分析寻找与TMB相关且能够预测胃癌患者预后和ICIs疗效的突变基因。<br>  方法:(1)系统检索PubMed、Embase、WebofScience和Cochrane数据库截至2020年12月28日的相关文献。按照纳入排除标准筛选符合要求的文献,纳入的所有队列研究和临床试验研究都需要报告高TMB患者和低TMB患者的总生存期(Overallsurvival,OS)和无进展生存期(Progression-freesurvival,PFS)各自的风险比(Hazardratio,HR)以及相应的95%可信区间(confidenceinterval,CI),提取数据后进行后续效应量合并、亚组分析、敏感性分析和发表偏倚分析;所有统计分析均使用R软件进行。(2)从癌症基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)和国际癌症基因组联盟(InternationalCancerGenomeConsortium,ICGC)数据库下载胃癌体细胞突变数据。通过R软件获取在TCGA胃癌队列和ICGC中国胃癌队列中同时频繁发生突变的基因,分析这些基因突变与患者TMB以及预后之间的相关性。用基因集富集分析(genesetenrichmentanalysis,GSEA)寻找与CUB和Sushi多域结构(CUBandSushimultipledomains1,CSMD1)基因突变相关的免疫信号通路;TIMER2.0被用来分析CSMD1突变与免疫浸润之间的相关性;CBioportal被用来分析CSMD1突变引起的基因组改变、与其共表达基因的相关性以及相关信号通路等。<br>  结果:(1)对总共32项研究的6131名患者的综合分析结果显示,与低TMB组相比,高TMB组接受ICIs后的OS(HR=0.61,95%CI0.53-0.71;P<0.01)和PFS(HR=0.51,95%CI0.44-0.60;P<0.01)显著增加;尤其是样本量较大(≥30)、西方人群、TMB界值较高(≥20mut/Mb)、抗PD-1治疗、样本来源为黑色素瘤、小细胞肺癌或胃癌的研究结果意义更为显著。Meta回归结果显示,在报告了结局指标为OS的研究中,各研究之间的异质性可归因于样本量、样本来源或TMB临界值;然而,对于结局指标为PFS的研究,只有样本量可以解释一部分异质性的来源。敏感性分析显示合并结果相对稳健,漏斗图和Egger’s检验结果提示无明显的发表偏倚。(2)总共有九个同时在TCGA胃癌样本和ICGC中国胃癌样本中频繁发生突变的基因:TP53、TTN、CSMD1、SYNE1、CSMD3、OBSCN、ZFHX4、PLEC和COL12A1,只有CSMD1突变与患者较高的TMB和较好的预后有关;突变位点分析提示在CSMD1的PHA02927(分泌型补体结合蛋白)结构域发生多个突变;遗传图谱显示在CSMD1突变样本中染色体4、5q、8p、9p丢失明显减少,微卫星不稳定(microsatelliteinstability,MSI)状态增高;胃癌分子亚型分析结果显示CSMD1突变患者中基因组稳定(genomicallystable,GS)型和染色体不稳定(chromosomallyinstable,CIN)型的占比明显减少,而MSI型明显增多;GSEA分析提示CSMD1突变样本中免疫相关通路上调:C型凝集素受体、B细胞受体下游信号转导事件、白细胞介素-12刺激后JAK-STAT信号的蛋白表达、白细胞介素12信号、白细胞介素12家族信号、可溶性外源抗原内体递呈、抗原处理交叉递呈和抗原递呈中的组蛋白去乙酰化酶(histonedeacetylase,HDAC)通路下调;免疫浸润分析提示在CSMD1突变样本中抗肿瘤免疫细胞如:CD4+Th1细胞(P=0.009)、NK细胞(P=0.033)、M1型巨噬细胞(P=0.007)和浆细胞样树突状细胞(P=0.010)有更高的比例,以及促肿瘤免疫细胞如:调节性T细胞(P=0.007)、M2型巨噬细胞(P=0.037)和内皮细胞(P=0.007)有更低的比例;基因共表达分析显示在CSMD1突变样本中PD-L1和P53分子表达更高,ALK分子表达更低;信号通路分析结果显示有十条与CSMD1突变相关的通路,其中RTK-RAS、HIPPO和WNT通路是最相关的三条信号通路。<br>  结论:(1)TMB有望成为接受ICIs治疗的癌症患者的独立预后生物标志物,这为传统治疗失败的高TMB患者提供了一种新的治疗思路;(2)CSMD1突变与胃癌患者较高的TMB和较好的生存有关,并且可能具有预测ICIs疗效的潜在意义。

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导师 王玉平
发布时间 2022-10-13(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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