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基于TCGA数据库探究口腔鳞状细胞癌关键基因及其功能验证

摘要目的:<br>  基于生物信息学技术筛查TCGA数据库中口腔鳞状细胞癌患者的差异基因,分析差异基因在临床预后中的价值,并进一步探究差异基因的功能,为口腔鳞状细胞癌的诊治提供新的靶点。<br>  方法:<br>  基于TCGA数据库,筛选出包含头颈部鳞状细胞癌相关的数据集,使用R语言合并分析所有数据,以FDR<0.05且|1og2FC|>3为条件筛查出差异基因进行验证。按照纳入与排除标准,连续性收集就诊于山西省人民医院和山西医科大学第一医院口腔颌面外科诊断为口腔鳞状细胞癌并行外科手术切除患者的组织标本进行验证。通过shRNA慢病毒干扰技术对口腔鳞状细胞癌细胞进行转染,并利用CCK8、Transwell、划痕实验及流式细胞术分别检测目标差异基因对口腔鳞状细胞癌细胞凋亡、迁移、侵袭和增殖的影响。<br>  结果:<br>  根据对TCGA数据库的分析,最终得出信息完整的头颈部鳞状细胞癌503例和正常的组织样本44例。通过生物信息学技术分析筛选差异基因646个,其中包括307个上调基因和339个下调基因。通过查阅文献和GEPIA2分析发现C1QL1基因高表达与肿瘤病人的生存期缩短显著相关(Plt;0.05)。我们进一步连续性收集了18例口腔鳞状细胞癌患者组织标本,通过qPCR、WesternBlot及免疫组化验证了C1QL1在口腔鳞状细胞癌中较正常癌旁组织表达增加。随后,我们通过体外实验探讨了C1QL1在不同口腔鳞状癌细胞中表达情况,发现C1QL1在SCC25细胞中表达明显上调。通过shRNA慢病毒干扰SCC25细胞,结果显示C1QL1下调可以抑制SCC25细胞的增殖、侵袭、迁移。<br>  结论:<br>  C1QL1在口腔鳞状细胞癌组织中高表达,抑制C1QL1的表达可以抑制口腔鳞状细胞癌细胞SCC25的增殖、侵袭和迁移。C1QL1可能成为OSCC的潜在治疗靶点。

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导师 石晶
发布时间 2022-11-24(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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