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开发CRISPRminer2用于探索原核生物和噬菌体互作过程中的CRISPR-Cas系统

摘要原核生物的CRISPR-Cas(Clustered regularly interspaced short palindromic repeatsCRISPR-associated protein)系统属于适应性免疫系统,CRISPR-Cas系统可以防止细菌和古生菌受到噬菌体的感染。深入的了解CRISPR-Cas系统的天然作用及其可编程特性对于适应性免疫系统的研究非常有启发性,并且可能促进基于CRISPR-Cas的新兴技术的发展。<br>  细菌和噬菌体正在进行一场进化比赛。细菌利用CRISPR-Cas适应性免疫系统来保护其免受噬菌体的感染。反过来,已经发现一些噬菌体能够使用anti-CRISPR蛋白逃避CRISPR-Cas系统的免疫。目前,已经开发了一些数据库或网络服务器来收集相关信息并提供有用的应用程序来研究CRISPR-Cas系统,例如专注于重复间隔单元(repeat-spacer units)的CRISPR array和/或Cas基因座的注释和表征的CRISPRs网络服务器,检测CRISPR array和Cas基因集群的网络服务器,专注于展示CRISPR array和生成spacer和repeat的字典的网络服务器。用于比较CRISPR的在线工具。anti-CRISPR相关的网络服务器一般人工收集一些已经在发表文献中的anti-CRISPR蛋白及其同源物。但是,这些数据库中的每一个都只专注于CRISPR生物学的特定领域,并且他们提供的关于CRISPR-Cas系统或anti-CRISPRs的信息有限,并没有建立基于CRISPR-Cas免疫系统的微生物与噬菌体之间的联系。<br>  目前,随着CRISPR-Cas系统多样性和分类的扩展,以及微生物-噬菌体协同进化的新发现,CRISPR-Cas系统的研究需要多方面/多维度的数据,并结合这些数据进行深入挖掘,然而仍然缺乏一个全面的在线资源或网络服务器。在本课题中,开发了CRISPRminer2数据库和网络服务器来填补这一空白,通过从已发表的观察和生成指导性注释中全面收集和挖掘这些系统背后的知识,并基于python脚本和一系列公共工具开发用于进行CRISPR-Cas系统预测、分类和注释的管道。并利用所收集下载的宏基因组数据进行新型效应蛋白预测。

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