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摘要研究Fonsecaea spp.感染导致的暗色真菌病的临床感染特征、相关易感因素、体外药敏特征、可能的耐药机制、Fonsecaea spp.种群的遗传起源、分布的时空趋势及可能的传播途径、遗传进化、多样性特征等有重要的临床意义与价值。<br>　　第一部分：致病性Fonsecaea spp.感染的全球报道病例的系统回顾性分析<br>　　目的：研究致病性着色霉Fonsecaea spp.患者的流行病学、临床特征，潜在的易感因素，为Fonsecaea spp.导致的暗色真菌病（DFD）的临床治疗提供理论依据。<br>　　方法：通过检索式收集不同语言报道的DFD病例，连续变量（年龄和时间等）以平均值±标准偏差表示；分类变量（包括性别等）以计数和百分数表示，采用方差不齐的非配对两样本T检验分析、Fisher确切概率法，比较两组之间的研究变量。<br>　　结果：研究发现，2000-2021年间全球传播的四种致病菌（Fonsecaea pedrosoi,F.monophora,F.nubica，F.pugnacius）的感染病例逐年增加。Fonsecaea pedrosoi,F.monophora,F.nubica导致的感染病例报道占比最多。暗色真菌Fonsecaea spp.-DFD病例高发于中国华南、华中、华东、西南、东北等。感染患者平均年龄为54.07±12.57，患者男/女性别比约为3∶1。Fonsecaea spp.着色霉引起的皮肤感染多发生于暴露且易受伤的上下肢。男性患者：感染部位的发生频率由高到底的是下肢（大腿，小腿）＞上肢（前臂、上臂）＞足部＞手部＞脚踝＞脸部＞臀部＞脑部＞耳部＞眼部；女性患者：下肢＞上肢＞手部＞脸部＞脚踝＞足部＞脑部＞眼部＞臀部。女性患者明确无外伤史比例多于有创伤史。针对Fonsecaea spp.种水平的鉴定，目前ITS测序应用比较广泛。<br>　　结论：近20年来，Fonsecaea spp.着色霉（四种致病菌株）感染的病例与分离的致病菌株呈逐渐上升的趋势。中国已成为Fonsecaea spp.着色霉病最多的国家之一，尤其高发于中国华南、华东、东沿海区域以及长江与黄河中下游流域地区。Fonsecaea spp.着色霉的临床表现多样。Fonsecaea spp.着色霉的精确诊断是提高治疗有效率的关键。针对Fonsecaea spp.种水平的分子鉴定，目前基于ITS测序的应用比较广泛。<br>　　第二部分：分离自国内的Fonsecaea spp.菌种体外抗真菌药物敏感性研究<br>　　目的：通过体外药敏试验研究分离自中国的着色霉Fonsecaea spp.菌株对现有抗真菌药物敏感性特征，为中国临床精准抗真菌治疗提供科学依据。<br>　　方法：采用美国临床实验室标准化委员会推荐的丝状菌标准的肉汤微量稀释法（CLSIM38-A2法），对着色霉Fonsecaea spp.分离株进行10种临床抗真菌药物的体外敏感性试验，总结分离自中国的着色芽生菌Fonsecaea spp.临床菌株的体外药敏特征[3]。<br>　　结果：分离自中国的Fonsecaea spp.着色霉对泊沙康唑（Posaconazole，MIC50=0.25ug/ml，MIC90=0.5ug/ml），艾沙康唑（Esacconazole，MIC50=0.25ug/ml,MIC90=0.5ug/ml），伏立康唑（Voriconazole，MIC50=0.125ug/ml,MIC90=0.25ug/ml）等唑类的抗真菌活性最高，而两性霉素B（Amphotericin B，MIC50=4ug/ml；MIC90=8ug/ml）、氟康唑（Fluconazole，MIC50=8ug/ml，MIC90＞8ug/ml）、棘白菌素类（Echinocandins，MEC50=8ug/ml,MEC90＞8ug/ml）对Fonsecaea spp.着色霉的抗菌活性较低。<br>　　结论：全球流行的Fonsecaea spp.着色霉的三个常见的致病菌种对所检测的10种抗真菌药物的敏感性以及临床治疗有效率结果一致且由高到低依次为：Fonsecaea monophora，Fonsecaea nubica，Fonsecaea pedrosoi。针对Fonsecaea spp.感染所致的暗色真菌病的抗真菌治疗，宜优先选择二代唑类药物（泊沙康唑（Posaconazole），艾沙康唑（Esacconazole），伏立康唑（Voriconazole）等），其次为特比萘芬（Terbinafine）、伊曲康唑（Itraconazole）、两性霉素B（Amphotericin B）、卡泊芬净（Caspofungin）。多种抗真菌药物（特比萘芬、伊曲康唑、两性霉素B、氟康唑）对Fonsecaea spp.着色霉的抗菌活性有降低趋势，但目前相关的联合用药的研究仍然不系统、全面，相关研究进展缓慢。<br>　　第三部分着色霉Fonsecaea spp.菌株的分子鉴定及系统发育分析研究<br>　　目的：通过多基因片段测序及序列分析对着色霉Fonsecaea spp.菌株进行分子鉴定及遗传多样性分析，明确着色霉Fonsecaea spp.的种群构成及种间遗传变异特征。同时拟从中国大陆自然环境中检测、分离、培养出Fonsecaea spp.着色霉菌株，丰富自然环境来源理论假说。<br>　　方法：收集分离自中国的着色霉Fonsecaea spp.菌株31株，进行培养、鉴定及种水平的基因分型，以揭示其群体遗传学特征；采用核酸扩增技术分别对ITS，BT2，Cdc42，Lac，PKS1，ESP，FOMO，FOUN，FOPE，FOPU等基因片段进行扩增测序，与NCBI数据库进行BLAST比对后初步鉴定至菌种水平[16]；并评估这10个单基因片段序列对鉴定着色霉Fonsecaea spp.的有效性[16]；分析收集的Fonsecaea spp.菌株遗传数据分析、系统发育和核糖体内部转录间隔（ITS）序列使用MEGA v.11，序列使用ClustalW选项进行比对，使用Kimura2参数模型加Gamma分布校正（K2+G：0.96），邻接法（Neighbor Joining,NJ）与最大似然法（Maximum Likelihood Method，ML），500次Bootstrap值。所有的时间系统发育树都是使用RelTime-ML方法建立的。<br>　　结果：收集的菌种中裴式着色霉F.pedrosoi9株（29.03%），F.monophora着色霉18株（58.06%），F.nubica着色霉6株（19.35%）。ITS序列将Fonsecaea spp.着色霉鉴定到种水平，41.9%为Fonsecaea pedrosi，35.4%为Fonsecaea monophora，16.1%为Fonsecaea monophora/Fonsecaea pedros，3.2%为Fonsecaea pedrosi/Fonsecaea nubica，BT2将Fonsecaea spp.着色霉全部识别为Fonsecaea monophora。Cdc42将Fonsecaea spp.着色霉鉴定为74.2%为Fonsecaea monophora与25.8%为Fonsecaea nubica。<br>　　结论：ITS测序及序列分析仍然是Fonsecaea spp.分子鉴定的主要参考标准。Fonsecaea spp.菌种进化分化顺序可能为Fonsecaea brasiliensis,Fonsecaea multimorphosa,Fonsecaea minima,Fonsecaea erecta,Fonsecaea pedrosoi，Fonsecaea pugnacius,Fonsecaea nubica,Fonsecaea monophora。Fonsecaea spp.致病菌种可能来源于环境菌株。<br>　　第四部分：Fonsecaea spp菌种全球传播方式与传播模式相关假说<br>　　目的：更加全面的分析Fonsecaea spp.着色霉菌株的种群结构、遗传进化、传播路径，传播途径，以揭示其种群扩张等群体遗传学特征。<br>　　方法：DnaSP v.6（http://www.ub.edu/dnasp/）被用来确定DNA多态性。所有单倍型网络模型都是用PopART1.7（http://popart.otago.ac.nz/index.shtml）构建的[18]。分类变量的比较采用卡方检验。如果P值≤0.05，则认为组间的差异具有统计学意义。分歧时间以百万年前（Ma）为单位。<br>　　结果：Fonsecaea pedrosoi,F.monophora,F.nubica三个全球流行的致病菌株占比最多，并且每个菌株与其他国家亲缘关系比较近的菌种。在Fonsecaea pedrosoi着色霉中，共育9条单倍体产生。<br>　　结论：本研究对全球Fonsecaea spp.的病例与可收集到的相关菌株进行了系统分析。发现全球流行的Fonsecaea spp.可能来源于海洋，并且有三个主要的传播起源中心。