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宫颈癌差异表达基因的筛选及免疫细胞浸润分析

摘要目的<br>  本研究利用生物信息学方法,筛选出宫颈癌差异表达基因,进行免疫细胞浸润分析和基因富集分析,旨在了解基因表达水平与免疫细胞浸润水平在宫颈癌中的关系,为晚期或复发宫颈癌免疫治疗提供新的潜在的治疗靶点。<br>  方法<br>  从GEO数据库中获取宫颈癌基因表达矩阵,筛选出差异表达基因,整合TCGA和GTEx数据库了解差异基因在肿瘤组织及癌旁组织、不同肿瘤分期、有无HPV感染时的表达情况。通过TIMER数据库分析差异基因在宫颈癌中的表达与免疫细胞浸润水平的关系及免疫细胞浸润水平与总生存期的关系,同时分析差异基因表达水平与免疫检查点相关基因表达之间的相关性。使用人蛋白质图谱(HPA)在线数据库验证宫颈癌组织和正常宫颈组织中差异基因和免疫细胞标志物的蛋白质表达。最后利用基因集富集分析(GSEA)鉴定了肿瘤中的免疫相关信号通路。<br>  结果<br>  1、本研究从GEO数据库中获取了三个宫颈癌(CESC)基因表达微阵列(GSE6791、GSE63678和GSE55940)。通过差异表达基因筛选,鉴定出IDO1基因。TCGA和GTEx数据库的基因表达谱及综合生物信息学分析表明,IDO1基因在宫颈癌组织中表达上调,且在不同分期表达差异显著。此外,在HPV16阳性样本中也表达上调。<br>  2、TIMER分析显示,IDO1在CESC中的表达与CD8+T细胞、CD4+T细胞、中性粒细胞、树突状细胞呈正相关。使用CIBERSORT计数TCGA数据集中具有不同IDO1表达和不同N阶段的CESC样品中免疫细胞亚群的相对比例结果显示CD8+T细胞占22个肿瘤浸润性免疫细胞亚群中的大部分,CD8+T细胞浸润水平与IDO1表达和CESC的不同N阶段显著相关。生存分析结果显示高CD8+T细胞浸润水平患者的预后较好。IDO1表达与免疫检查点相关基因的表达显著正相关,且IDO1本身也是免疫检查点基因。<br>  3、使用HPA在线数据库结果显示IDO1在宫颈癌组织中高度表达,在正常组织中低表达。基因富集分析GSEA结果显示IDO1主要与肿瘤免疫相关信号通路相关。<br>  结论<br>  1、IDO1在宫颈癌组织中高表达。<br>  2、IDO1在CESC中的表达与CD8+T细胞呈正相关,由免疫检查点相关基因IDO1驱动的肿瘤浸润性CD8+T细胞与宫颈癌预后相关。<br>  3、本研究为IDO1抑制剂在CESC治疗中的应用提供了思路。

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导师 万俊辉
学位信息:
南昌大学医学部 临床医学 妇产科学(硕士) 2022年
分类号 R737.33
发布时间 2022-11-14
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