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长链非编码RNA LOC440173在食管鳞状细胞癌中的表达及机制研究

摘要食管癌(Esophagealcancer,EC)是全球范围内常见的消化道恶性肿瘤,发病率位居各类肿瘤中第七位,同时占癌症相关死因第六位。我国是世界上食管癌发病率和死亡率均最高的国家,每年死于食管癌的患者占世界死亡人数的一半以上。鳞状细胞癌(squamouscellcarcinoma,SCC)和腺癌(adenocarcinoma,AC)是食管癌常见的病理类型,其中我国食管癌病例以食管鳞状细胞癌(esophagealsquamouscellcarcinoma,ESCC)为主,占90%以上。由于该病早期症状不明显,患者确诊时即为中晚期,虽然目前医疗技术有所进展,但食管鳞癌患者的5年生存率仍不足30%。临床上急切需要寻找具有高度敏感性和特异性的肿瘤标志物,以便对ESCC患者进行早期诊断和预后评估,甚至通过靶向治疗的方法,控制ESCC的进展。<br>  近年来,大量研究表明非编码RNA参与人类重要的生理、病理学进程,长链非编码RNAs(LongnoncodingRNAs,lncRNAs)是一类长度大于200bp,不具有编码蛋白能力的RNA分子,在癌症的发生和发展中起到了重要的调控作用。LOC440173为新发现的1个lncRNA,其位于染色体9q21.33,长度为2018bp;有研究发现其在肾癌中高表达,且参与肾癌细胞的增殖过程。然而LOC440173在ESCC中的表达及其生物学功能尚未阐明。本研究首先利用生物信息学数据发现并检测LOC440173在食管鳞癌肿瘤组织及癌旁正常组织中的表达情况,分析其表达水平与患者各临床病理资料的相关性;并通过体外、体内实验,研究LOC440173对食管癌细胞增殖、迁移、侵袭能力的影响,初步明确其生物学功能;最后探讨LOC440173影响食管癌生物学行为的潜在分子机制。<br>  主要研究内容和结果如下:<br>  第一部分长链非编码RNALOC440173在食管鳞癌中的表达及其临床意义<br>  目的:研究长链非编码RNALOC440173在食管癌细胞系及ESCC组织中的表达及分析其表达水平与患者临床病理特征之间的相关性。<br>  方法:<br>  1.从公共数据库GEO中下载食管鳞癌芯片GSE89102数据,并分析其中差异表达的lncRNAs。<br>  2.应用在线软件CodingPotentialCalculator和CodingPotentialAssessmentTool分析预测LOC440173的蛋白编码能力。<br>  3.应用实时荧光定量反转录多聚核苷酸酶链式反应(Quantitativereal-timereversetranscriptionpolymerasechainreaction,qRT-PCR)的方法检测LOC440173在5株食管癌细胞系(Kyse150、Eca109、YES-2、TE1、TE13)以及64例ESCC及其相应癌旁正常组织中的表达情况,并分析其表达水平与患者临床病理资料间的相关性。<br>  4.绘制ROC工作特征曲线分析LOC440173的表达水平在ESCC诊断中的价值。<br>  结果:<br>  1.lncRNA芯片分析发现有752个表达差异的lncRNAs,其中334个lncRNAs的表达上调,418个lncRNAs的表达下调;分析发现在上调的lncRNAs中,LOC440173的表达差异3.4倍。<br>  2.在线软件CodingPotentialCalculator和CodingPotentialAssessmentTool证实LOC440173是一个非编码RNA。<br>  3.LOC440173在食管癌细胞系中的表达情况:LOC440173在食管癌细胞系(YES-2、Kyse150、TE13、Eca109、TE1)中表达均高于对照组(P<0.01)。<br>  4.LOC440173在ESCC及其相应癌旁正常组织中的表达情况:LOC440173在ESCC组织中的表达显著高于相应癌旁正常组织,并且与分化程度、浸润深度、淋巴结转移和TNM分期密切相关(P<0.05或P<0.01),而与性别、年龄无关(P>0.05)。<br>  5.工作特征曲线(ROC)分析发现LOC440173鉴别ESCC及癌旁正常组织的曲线下面积为0.7205,敏感性为70.31%,特异性为70.31%(P<0.01)。<br>  第二部分长链非编码RNALOC440173对食管癌细胞生物学行为的影响<br>  目的:通过体内外实验,研究LOC440173对食管癌细胞恶性行为的影响。<br>  方法:<br>  1.构建LOC440173的4个敲低质粒及pcDNA3.1-LOC440173过表达载体,分别转染食管癌细胞Kyse150、YES-2和TE1、Eca109,采用qRT-PCR的方法检测转染效率。选择敲低效果最好的sh-LOC440173-1进行后续实验。分别应用MTS、克隆形成、Transwell小室和细胞周期等实验检测敲低及过表达LOC440173对食管癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。<br>  2.采用qRT-PCR和Westernblot方法检测在Kyse150和Eca109细胞中分别敲低和过表达LOC440173对EMT相关基因的影响。<br>  3.应用体内移植瘤实验检测在Eca109细胞中过表达LOC440173对裸鼠移植瘤生长的影响。<br>  结果:<br>  1.成功构建敲低和过表达LOC440173细胞株:转染sh-LOC440173-1可显著敲低LOC440173在食管癌细胞Kyse150和YES-2中的表达水平(P<0.05或P<0.01),转染pcDNA3.1-LOC440173的食管癌细胞TE1和Eca109中,LOC440173表达明显上调(P<0.01)。<br>  2.敲低LOC440173可显著抑制Kyse150和YES-2细胞的增殖、迁移、侵袭能力,G0/G1期细胞增多(P<0.05或P<0.01)。而过表达LOC440173可显著促进TE1和Eca109细胞的增殖、迁移、侵袭能力,G0/G1期细胞减少(P<0.01)。<br>  3.qRT-PCR和Westernblot结果显示,在Kyse150中,敲低LOC440173后,E-cadherin表达水平升高,N-cadherin和Vimentin表达水平降低(P<0.01)。在Eca109细胞中,过表达LOC440173后,E-cadherin表达水平降低,N-cadherin和Vimentin表达水平升高(P<0.01)。<br>  4.体内移植瘤实验结果显示,注射稳定过表达LOC440173细胞的小鼠与对照组相比,体内的移植瘤的体积和重量明显增加(P<0.01)。<br>  第三部分长链非编码RNALOC440173通过吸附miR-30d-5p促进食管癌的恶性进展<br>  目的:研究LOC440173在食管癌的致癌过程中对miR-30d-5p的调控作用。<br>  方法:<br>  1.应用Paris试剂盒分离食管癌细胞系Kyse150、YES-2、Eca109和TE1的细胞核和胞浆,应用qRT-PCR法检测LOC440173在四株细胞系中的核浆定位。<br>  2.生物信息学工具预测与LOC440173有潜在结合的miRNA。<br>  3.应用双荧光素酶报告基因实验和RNA免疫共沉淀(RNAimmunoprecipitation,RIP)实验证实LOC440173是否以竞争性内源RNA(ceRNA)形式吸附miR-30d-5p。<br>  4.采用qRT-PCR方法检测64例ESCC及其相应癌旁正常组织中miR-30d-5p的表达情况,并分析其表达水平与患者临床病理资料间的相关性。<br>  5.合成miR-30d-5pmimics和inhibitor,分别转染食管癌细胞Kyse150和TE1后,用qRT-PCR的方法检测转染效率。分别应用MTS实验、克隆形成实验、Transwell实验来检测敲低和过表达miR-30d-5p对食管癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。<br>  6.将LOC440173和miR-30d-5p共转染至食管癌细胞,分别应用MTS实验、克隆形成实验、Transwell实验来检测LOC440173及miR-30d-5p对食管癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。<br>  结果:<br>  1.LOC440173在食管癌细胞中主要定位在胞浆中。<br>  2.生物信息学预测LOC440173序列中含有与miR-30d-5p互补结合的miRNA反应原件(miRNAresponseelements,MREs);敲低LOC440173后食管癌细胞中miR-30d-5p表达明显升高(P<0.01),而LOC440173过表达后食管癌细胞中miR-30d-5p表达明显降低(P<0.05或P<0.01)。<br>  3.双荧光素酶报告基因与RIP实验证实LOC440173能够以ceRNA的形式吸附miR-30d-5p。<br>  4.miR-30d-5p在ESCC组织中的表达水平显著低于相应癌旁正常组织,并且与分化程度、浸润深度、淋巴结转移和TNM分期密切相关(P<0.05或P<0.01)。<br>  5.通过转染miR-30d-5pmimics显著上调miR-30d-5p在食管癌细胞系Kyse150和TE1中的表达水平,而转染miR-30d-5pinhibitor明显下调miR-30d-5p在食管癌细胞系Kyse150和TE1中的表达水平。体外实验证实,过表达miR-30d-5p可显著抑制Kyse150和TE1细胞的增殖、迁移和侵袭能力(P<0.05或P<0.01),敲低miR-30d-5p可显著促进Kyse150和TE1细胞的增殖、迁移和侵袭能力(P<0.05或P<0.01)。<br>  6.在Kyse150中,共转染miR-30d-5pinhibitor后可部分恢复敲低LOC440173对细胞增殖、迁移和侵袭能力的抑制作用(P<0.05或P<0.01)。在TE1细胞中,共转染miR-30d-5pmimics后,可部分恢复过表达LOC440173对细胞增殖、迁移和侵袭能力促进作用(P<0.05或P<0.01)。<br>  第四部分长链非编码RNALOC440173通过调控miR-30d-5p/HDAC9促进食管鳞癌的进展<br>  目的:探讨LOC440173、miR-30d-5p和HDAC9在食管癌发生发展中的作用。<br>  方法:<br>  1.利用生物信息学在线工具预测miR-30d-5p的靶基因,发现HDAC9可能是miR-30d-5p的靶基因。并用TargetScan预测HDAC9的3’-UTR区域和miR-30d-5p的结合序列。<br>  2.应用qRT-PCR实验和双荧光素酶报告基因实验进一步验证LOC440173/miR-30d-5p对HDAC9调控作用。<br>  3.应用qRT-PCR方法检测64例ESCC组织及其相应癌旁正常组织中HDAC9的表达情况。并分析ESCC组织中LOC440173、miR-30d-5p和HDAC9三者表达的相关性。<br>  4.分别应用MTS和Transwell小室实验检测Eca109和TE1细胞中转染pcDNA3.1-LOC440173,及共转染siHDAC9后对食管癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。<br>  结果:<br>  1.多个生物信息学数据库预测HDAC9可能为miR-30d-5p的靶基因。在Kyse150和TE1细胞中过表达miR-30d-5p后,HDAC9的表达水平明显下降(P<0.05或P<0.01),而敲低miR-30d-5p后,HDAC9的表达水平明显上调(P<0.01)。荧光素酶报告基因实验证实miR-30d-5p可以和HDAC9的3’-UTR区域结合。<br>  2.在Kyse150细胞中,敲低miR-30d-5p后,可以部分恢复LOC440173减少而引起的对HDAC9的mRNA表达水平和荧光活性的抑制作用(P<0.05或P<0.01)。在TE1细胞中,过表达miR-30d-5p后,可部分减弱由LOC440173过表达对HDAC9的mRNA表达水平和荧光活性的促进作用(P<0.05或P<0.01)。<br>  3.HDAC9基因在ESCC组织中的表达显著高于相应癌旁正常组织(P<0.05)。相关性分析发现miR-30d-5p的表达与LOC440173和HDAC9的表达分别呈负相关,而LOC440173的表达与HDAC9的表达呈正相关(P<0.01)。<br>  4.在Eca109和TE1细胞中,共转染siHDAC9后可减弱LOC440173过表达对细胞增殖、迁移和侵袭能力的促进作用(P<0.05或P<0.01)。<br>  结论:<br>  1.LOC440173在食管癌细胞和ESCC组织中表达增高,并与ESCC的发生与发展密切相关,可以作为ESCC诊断和预后的分子标志物。<br>  2.LOC440173可显著促进食管癌细胞的体外增殖、迁移、侵袭能力和体内肿瘤生长能力,且可能通过调控EMT相关基因而发挥致癌作用。<br>  3.LOC440173通过调控miR-30d-5p/HDAC9促进食管鳞癌的进展。

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