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基于生物信息学对线粒体相关铁死亡基因的筛选及其对肿瘤预后的影响

摘要目的:<br>  铁死亡是一种ROS积累致死水平为特征的程序性细胞死亡形式,发生铁死亡的细胞表现出与其它细胞死亡形式不同的线粒体形态学方面的改变,线粒体也在铁死亡的执行过程发挥着重要的作用。因此本研究采用生物信息学方式探究铁死亡发生过程中,导致线粒体变化的关键基因,并探究了关键基因对肿瘤患者生存的影响。<br>  方法:<br>  本研究从NCBI、EBI和DDBJ三大数据库中筛选出16组铁死亡相关的人类癌症转录组数据集,每个数据集中仅提取出铁死亡组和对照组数据进行分析。我们首先测定数据的丰度值,之后采用WGCNA和metaDE对数据进行分析,筛选出铁死亡相关基因模块和差异表达基因,并将其与线粒体基因(从MitoCarta3.0下载)取交集,并对它们进行GO、KEGG和反应组通路富集分析;此外我们筛选出关键模块和差异基因中的线粒体相关的hub基因,最后将两种分析方式的hub基因取交集。之后我们采用SY5Y细胞建立铁死亡模型,并采用qPCR实验对预测出来的基因的表达水平进行检测。<br>  结果:<br>  (1)本研究采用WGCNA与MetaDE筛选出线粒体相关的铁死亡基因,发现它们主要富集于线粒体ATP合成耦合电子传递链、胆固醇生物合成等的生物过程中。<br>  (2)WGCNA分析与MetaDE筛选出来的线粒体相关的铁死亡基因的共有关键基因有:NDUFS2、NDUFA4、IDI1和FDPS,它们与铁死亡性状的相关系数为-0.18。<br>  (3)erastin处理SY5Y细胞8h后,NDUFS2、NDUFA4、IDI1和FDPS的mRNA表达水平降低。<br>  (4)NDUFA4在肾脏嫌色细胞癌患者中基因表达下调时,患者的生存时间明显增加(Plt;0.05);NDUFS2在甲状腺癌和葡萄膜黑色素瘤患者中基因表达下调时,患者的生存时间明显增加(Plt;0.05);FDPS在间皮瘤、肾脏嫌色细胞癌、皮肤黑色素瘤和肾上腺皮质癌患者中基因表达下调时,患者的生存时间明显增加(Plt;0.05);IDI1在膀胱尿路上皮癌、间皮瘤、肾上腺皮质癌、肉瘤和甲状腺癌患者中基因表达下调时,患者的生存时间明显增加(Plt;0.05)。<br>  结论:<br>  (1)NDUFS2、NDUFA4、IDI1和FDPS是线粒体相关铁死亡的关键基因。<br>  (2)下调NDUFS2、NDUFA4、IDI1和FDPS可能对多种肿瘤患者的预后有积极影响。

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