摘要目的结核分枝杆菌(Mycobacteriumtuberculosis,Mtb)是结核病(Tuberculosis,TB)的病原菌,其常规治疗手段是抗生素治疗,但Mtb的耐药性愈演愈烈,抗生素疗法陷入困境,因此噬菌体疗法重新受到重视。噬菌体疗法具有良好的应用前景,但存在着侵染效率低、给药途径不理想等问题,其中细菌自身的限制修饰系统(Restriction-Modificationsystem,R-M系统)是阻碍噬菌体侵染的重要原因。细菌的R-M系统会降解外来的噬菌体DNA,使其不能发挥裂解细菌的作用,因此是结核病噬菌体疗法的重要限制因素。Rv2528c是Mtb的模式菌株H37Rv中唯一一个R-M系统的限制酶候选基因,可能识别并切割多种类型的甲基化修饰DNA。因此其在异源表达宿主中表达可能产生遗传毒性,即通过降解宿主的带有甲基化修饰的基因组DNA,抑制宿主菌的生长。本研究旨在鉴定Rv2528c的生物学功能及其识别的DNA修饰类型,为优化治疗用噬菌体的DNA序列及甲基化修饰类型提供指导依据,从而提高结核病噬菌体疗法的疗效并最终促进结核病的防控。<br> 方法首先克隆目的基因,将Rv2528c编码序列克隆至蛋白表达载体pET44b上,命名为Rv2528c-pET44bΔ。将空载体pET44bΔ和Rv2528c-pET44bΔ分别转化入表达宿主JM110、Top10和BL21(DE3)pLysS中,筛选出带有目的基因的重组表达菌株,分别测定生长曲线,以初步确认Rv2528c对大肠杆菌宿主的遗传毒性;利用0.8M异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(Isopropyl-β-D-thiogalactoside,IPTG)诱导蛋白表达菌株BL21/Rv2528c中蛋白的表达,然后进行镍柱亲和层析纯化蛋白。使用酶标仪(SpectraMaxM5)、TUNEL试剂盒和流式细胞仪,对含有Rv2528c表达载体的JM110、Top10和BL21(DE3)pLysS菌株的生长曲线和Rv2528c的遗传毒性进行检测。使用11种商业化的DNA甲基转移酶(MTase)对不含任何DNA修饰的pRSFDuet质粒分别进行体外修饰,将不同甲基化修饰类型的质粒通过电击转化BL21/Rv2528c和BL21/pET44bΔ菌株,并对转化子分别进行计数。计数资料用SPSS25.0软件进行分析,定量资料若满足正态性,则用两独立样本比较的t检验;若不满足正态性,则用两独立样本的秩和检验。以Plt;0.05为差异具有统计学意义。通过比较其转化效率的差异,确定Rv2528c识别的DNA甲基化类型。最后通过AlphaFold预测Rv2528c的蛋白三维结构,用superposition方法比较其与EcoKMrr蛋白的三维结构,揭示其功能差异的结构基础。<br> 结果1构建的pET44bΔ和Rv2528c-pET44bΔ表达质粒,经琼脂糖凝胶电泳及基因测序验证序列正确,构建成功。2Rv2528c体外切割试验,纯化的Rv2528c蛋白对商业化DNAMTase修饰的pRSFDuet质粒底物,仅产生微弱的非特异性降解,该现象与Rv2528c所属的Mrr家族蛋白的性质一致。3对含有pET44bΔ和Rv2528c-pET44bΔ质粒的JM110、Top10和BL21(DE3)pLysS菌株的生长曲线的测定,显示带有Rv2528c的BL21(DE3)pLysS菌株生长明显迟缓,而JM110和Top10菌株正常生长。4对带有pET44bΔ和Rv2528c-pET44bΔ质粒的BL21(DE3)pLysS菌株进行TUNEL细胞凋亡检测,显示Rv2528c的表达会导致明显的基因组DNA损伤。5经SPSS25.0软件统计分析,用11种商业化DNAMTase修饰的pRSFDuet质粒电转入BL21/pET44bΔ菌株的电转效率均高于电转入BL21/Rv2528c菌株的电转效率(Plt;0.05)。6结合生物学和统计学分析,在对Rv2528c体内识别的DNA甲基化类型研究中,携带M.HhaI、M.MspI、M.BamHI、CpG、M.AluI、M.HaeIII、M.EcoGII和M.TaqI修饰的质粒对BL21/Rv2528c菌株的转化效率,比携带相同修饰质粒对BL21/pET44b菌株的转化效率显著降低;而经M.HpaII或M.EcoRI修饰的质粒,或从Top10中提取得到的质粒,受Rv2528c的限制较小。7使用AlphaFold预测的Rv2528c和EcoKMrr的蛋白质三维结构比较显示,两者中间区域的两个α-螺旋的易位,导致两个蛋白的整体结构差异较大,是为两个蛋白功能差异的结构基础。8Rv2528c识别的DNA修饰类型与EcoKMrr基本相似,可以明显限制M.HhaI、M.MspI、M.BamHI、CpG、M.AluI、M.HaeIII、M.EcoGII和M.TaqI的甲基化修饰。<br> 结论1Rv2528c在E.coliBL21(DE3)pLysS菌株中具有遗传毒性和DNA损伤现象。2Rv2528c与甲基化修饰DNA的不兼容性可以保护宿主免受有害的外源DNA的侵入和调控。3Rv2528c可以识别M.HhaI、M.MspI、M.BamHI、CpG、M.AluI、M.HaeIII、M.EcoGII和M.TaqI的甲基化修饰。4Rv2528c识别甲基化类型与EcoKMrr相似,但是两者之间也有区别,其结构差异可能是造成两者区别的主要原因。
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