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摘要目的：初步探讨桥本氏甲状腺炎患者肠道菌群组成的基本特征，试图找出与桥本氏甲状腺炎显著相关的菌属，以期为桥本氏甲状腺炎患者的治疗提供新的研究思路。<br>　　方法：收集2020年10月-2021年3月期间就诊于青海大学附属医院乳腺甲状腺科门诊且符合纳排标准的桥本氏甲状腺炎患者的粪便样本25例，为HT组；并纳入同期本院体检中心健康志愿者的粪便样本20例，为HC组。两组粪便样本质检后行肠道菌群DNA提取和PCR扩增，对16SrRNA基因的V3-V4区进行测序。对两组测序结果进行评估，并行OTU聚类、多样性分析、物种组成特征及物种差异的生物信息分析，利用KEGG数据库预测肠道菌群功能，并行菌群功能的差异比较。<br>　　结果：1.测序情况分析示:两组共得2397814条高质量有效序列，平均每个样本产生（53285±4838）条有效序列，测序数据量足够；2.OTU聚类结果示：两组共获得OTU数目851个，HT组、HC组特有OTU分别为169个、107个；3.多样性分析示：两组Alpha多样性差异无统计学意义（P＞0.05），两组Beta多样性的加权和非加权Unifrac距离差异显著（P＜0.01）；4.组间物种组成和差异比较示：两组在门、纲、目、科、属水平上物种构成和丰度均不同，LEfSe分析HT组、HC组分别有24个、21个具有生物标志物潜力的差异优势菌（P＜0.05）；各水平丰度前10的关键物种比较得到6个关键差异菌，与HC组相比， HT组的Candidatus_Sacchariabacteria菌门、肠杆菌目和肠杆菌科丰度明显增加，δ变形菌纲、脱硫弧菌目和紫单胞菌科丰度显著减少，差异均有统计学意义（P＜0.05）；5.组间肠道菌群丰度功能分析示：两组肠道菌群功能在上皮细胞的细菌侵袭、药物代谢酶和磷酸转移酶系统等8条代谢通路上差异具有统计学意义（P＜0.05）。<br>　　结论：HT患者的肠道菌群组成与健康人群相比具有明显差异，差异菌和菌群功能通路丰度的显著变化,可能与该病发生发展相关。差异菌可能为HT患者肠道微生态治疗提供思路。