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摘要口腔鳞状细胞癌（OralSquamousCellCarcinoma,OSCC）是一种常见且具有危害性的恶性癌症。由于其极高的侵袭性，患者的发病和死亡率不断上升。随着OSCC病例数量的不断增加，深入挖掘OSCC的发病原因，开发新的诊断与预后生物标志物，并确定有效的治疗靶点，已成为医学界一个紧迫的课题研究。此外，最新的科学技术表明，非编码RNA在机体生长、发育及病理方面发挥了重要作用，尤其是长链非编码RNA（Longnon-codingRNA,LncRNA）调控着恶性肿瘤的发病、转移以及复发，甚至参与了肿瘤的耐药。因此，寻找在OSCC发病过程中发挥作用的LncRNA作为生物标志物，已成为当前的研究热点。<br>　　本论文旨在利用生物信息学分析技术，研究OSCC相关数据，找到与OSCC发生和发展相关的差异基因。首先从癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）数据库中获得关于OSCC的转录本数据，使用R语言中的limma包预处理数据，筛选差异的mRNA和lncRNA，然后对差异基因进行基因本体（GO）分析，用Cytoscape软件将结果可视化，并通过STRING数据库完成蛋白相互作用网络（PPI）的构建。接着，利用MCODE插件对PPI进行模块分析，同时对不同的模块进行GO功能注释。其次，再次通过TCGA数据库筛选与OSCC生存预后有明显相关性的差异lncRNA，并在KaplanMeierPlotter数据库中结合病人临床随访信息研究基因表达与预后水平的关系。最后，选取12对OSCC和癌旁组织样本，用实时荧光定量PCR对筛选的差异lncRNA进行验证。<br>　　通过上述方法，得到了2611个lncRNA在OSCC中差异表达，其中2118个上调，492个下调。此外，在OSCC中差异表达的mRNA有4233个，其中2684个上调，1549个下调。GO功能注释分析显示这些差异基因主要富集在细胞信号传导、细胞新陈代谢、能量相关通路等相互作用的通路中。然后使用MCODE插件分析PPI网络得出重要的模块，分析发现差异mRNA相关的4个核心蛋白都与能量的代谢与分子运输相关；差异lncRNA相关的10个核心蛋白，除了癌症相关通路，其余都与癌细胞迅速增殖造成的细胞分裂周期变化通路相关。<br>　　然后进一步分析了差异lncRNA在TCGA中的OSCC临床样本数据，发现表达差异最显著的是lncRNAPRKG1-AS1。通过KaplanMeierPlotter的研究，我们发现lncRNAPRKG1-AS1与RBMS2和FOXK2之间存在共表达的关系，而且这一结果具有统计学意义（P＜0.05）。最后，我们利用实时荧光定量PCR检测了12对OSCC组织和正常组织样本中筛选出的差异lncRNA，发现在OSCC患者中lncPRKG1-AS1的表达水平显著偏高。这一发现为基于TCGA数据库的研究结果提供了有力的支持。