摘要目的<br> 通过CRISPR/Cas9介导的全基因组敲除系统,筛选并鉴定B-ALL耐药相关基因。了解B-ALL中SUMO2介导的SUMOylation修饰及其涉及的肿瘤信号通路变化,探讨与药物化疗敏感性的关系,进一步研究SUMOylation修饰对B-ALL细胞生长的调控机制以及靶向干预的可能性,并试图寻找其与肿瘤耐药的相关可能机制,了解耐药ALL的发生机理。<br> 方法<br> (1)通过CRISPR/Cas9介导的全基因组敲除方法进行耐药相关基因的功能性筛选,通过文库慢病毒感染ALL细胞,以蒽环类代表阿霉素为筛选药物,进行为期14天的共培养。提取各组细胞基因组DNA,通过NanoDrop紫外吸收光谱、QubitDNA定量检测基因组DNA质量。通过全基因组测序分析sgRNA富集程度,对测序数据进行质控,通过分析sgRNA分布特征、自平衡文库分析,以分析测序结果的可靠性。结合生物信息学分析筛选耐药基因,获得相关基因列表。<br> (2)通过文库内部多条SUMO2-sgRNA验证SUMO2为B-ALL耐药相关基因,通过TheCancerDependencyMap数据眼验证SUMO2为B-ALL耐药相关基因。通过WesternBlot、RT-qPCR分别在B-ALL耐药细胞、临床患者样本中验证SUMO2的表达,并通过公共数据库CancerCellLineEncyclopedia验证,并通过TARGET数据库验证SUMO2的高表达与不良预后相关。WB检测化疗药物诱导B-ALL细胞出现deSUMOylation。通过CRISPR/cas9基因编辑技术敲除SUMO2,MTT检测细胞增殖情况,并检测细胞对化疗药物的敏感性。使用敲除SUMO2的Nalm6细胞构建BALB/C裸鼠移植瘤模型,检测SUMO2敲除的B-ALL细胞的体内增殖情况。MTT检测SUMOylation通路抑制剂ML-792、TAK-981、2-D08单用或联合化疗药物对B-ALL细胞系的体外杀伤作用,应用CompuSyn软件计算CI、DRI指数分析药物联用的作用。构建NAR细胞移植NCG小鼠模型,检测SUMOylation通路抑制剂ML-792、TAK-981、2-D08单用或联合化疗药物对B-ALL体内治疗作用,活体成像仪监测小鼠模型白血病进展情况。<br> (3)通过基于LC-MS/MS的TMT标记定量蛋白组学及抗体富集的非定量PTMs组学,鉴定B-ALL中SUMOylation修饰的蛋白,通过对提取的蛋白质进行分离、酶切,经胰酶酶解和LC-MS/MS分析得到肽段及蛋白的定性和相对定量结果,分析数据获得差异显著SUMOylation位点对应的蛋白。再通过对候选蛋白进行功能分析,主要包括位点motif分析,差异位点表达模式等分析,研究候选蛋白及其涉及的肿瘤信号通路,并探索以候选蛋白为靶点的治疗方案。<br> 结果<br> (1)成功构建CRISPR/Cas9介导的全基因组敲除的Nalm6细胞文库,进行为期14天的筛选,提取质量合格的基因组DNA,高通量测序获得确信度高的数据,结合生物信息分析,将SUMO2鉴定为B-ALL耐药相关基因。<br> (2)通过文库内部验证及外部数据集验证SUMO2为B-ALL耐药相关基因。公共数据库验证SUMO2在B-ALL中高表达,WB、RT-qPCR验证SUMO2及其介导的SUMOylation表达在耐药B-ALL细胞系中较亲本细胞高,在B-ALL临床样本中较健康供者表达高,数据库验证较高的SUMO2表达及其相关酶的高表达预示患者不良预后。<br> (3)化疗药物可诱导B-ALL细胞deSUMOylation,且呈时间和药物浓度依赖性。SUMO2敲除抑制了Nalm6细胞增殖,提高了药物敏感性,在体内体外均得到证实。SUMO2抑制剂与化疗药物呈协同作用,在体内体外均可提高Nalm6或NAR细胞的药物敏感性。<br> (4)SUMOylation修饰谱共鉴定到457个SUMOylation位点,对应437个SUMOylation蛋白,定义T检验后p值小于0.05和实验变量导致的logfoldchange大于1.2的蛋白的SUMOylation位点为显著性差异位点,其中显著差异位点分别有352个。在Nalm6与Nalm6ADM对比组中,有99个modifi在Nalm6中上调,253个modifi在Nalm6ADM中上调,85个modifi无明显统计学差异;在NAR与Nalm6对比组中,有238个modifi在NAR中上调,119个modifi在Nalm6中上调,80个modifi无明显统计学差异。提示SUMO2介导的SUMOylation途径可能是通过靶向相关蛋白质,影响细胞DNA转录过程,进而影响细胞药物敏感性。<br> 结论<br> SUMO2作为B-ALL耐药相关基因,其介导的SUMOylation途径可能是通过RANBP2靶向相关蛋白质,影响细胞DNA转录过程,进而影响细胞药物敏感性。SUMOylation途径抑制剂可以协同化疗药物治疗B-ALL,靶向SUMO2介导的SUMOylation途径有望提高耐药B-ALL的疗效。
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