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垂体神经内分泌肿瘤多组学研究

摘要垂体神经内分泌肿瘤(PitNET)是颅内常见的第二大肿瘤,PitNET起源于垂体前叶(APG),主要是激素紊乱引起肿瘤发生:泌乳素(PRL)、卵泡刺激素(FSH)和黄体生成素(LH)、生长激素(GH)、促甲状腺激素(TSH)、促肾上腺皮质激素(ACTH)。激素异常伴随多种临床症状发生,包括甲亢、肢端肥大症、库欣综合症等,影响机体正常功能,使患者生活质量下降。随着技术的发展,PitNET检出率上升,人们对于该病的发病机制以及治疗方法越来越关注。<br>  目前组织学的诊断是PitNET临床亚型分类以及临床治疗的基础。最新的研究表明,其他脑部肿瘤可以通过基因组学、转录组学和蛋白质组学将疾病划分为不同的分子亚型[1],给予不同的治疗措施。多组学分析与临床信息结合,在转录组和蛋白质组水平对PitNET进行分类,可以增加对疾病的认知,并提出新的靶点和治疗措施。但是目前关于PitNET的研究仍然局限于基因组水平,不利于分子水平研究和治疗。<br>  为了加大对PitNET的认知,本次研究共纳入200例肿瘤样本和7例对照,涉及10种常见的临床亚型(GH型、TSH型、PRL型、多激素型、silentPIT1型、ACTH型、silentTPIT型、GN型、silentSF1型和NULL型)和4种转录因子谱系(SF1、POU1F1、TBX19)。在这项研究中,对200个肿瘤样本和配对的外周血单核细胞(PBMCs)进行了全基因组检测,以确定肿瘤基因组中可能存在的基因变异。对194例肿瘤和7个对照样本进行了转录组测序(RNA-seq)。基于质谱(MS)的无标签定量(LFQ)方法用来描述200例肿瘤和7例对照的蛋白质组的特征。采用基于Fe-NTA的富集方法,对194例肿瘤和7例对照进行了磷酸化蛋白组学分析。<br>  首先基于基因组数据,检测与PitNET功能相关的驱动基因,包括高频明星突变USP8和GNAS。此外研究发现部分基因在CNV-mRNA、CNV-蛋白以及mRNA-蛋白之间具有一定的关联。接着根据转录组和蛋白质组数据结合临床信息将PitNET划分为5种转录组亚型和7种蛋白质组亚型。蛋白质组亚型与临床侵袭指标、临床亚型和转录因子谱系有明显关联,证明了基于分子水平的多组学分型的科学性。其中在转录组分型中发现了PIT1谱系分为EMT_RNA亚型和Hormone亚型。进一步分析发现,EMT_RNA亚型富集大量与上皮-间质转化信号通路相关的转录因子,并与肿瘤侵袭相关。我们基于IHC染色分别在200例PitNET和750例的验证队列中评估组织样本中上皮-间质转化信号通路相关的分子表达。<br>  本研究对PitNET的免疫微环境进行探索,根据转录组数据进行免疫细胞打分和免疫浸润评估。通过筛选基于35种免疫细胞的打分,通过一致性聚类将垂体瘤分为:耗竭型、CD4+细胞浸润型、基质型和CD8+细胞浸润型。研究发现不同的免疫亚型呈现特异的免疫微环境,耗竭型中PDL1分子在mRNA水平显著高表达。随着进一步分析发现,PITI谱系呈现两种不同的免疫情况,由AK1-STAT1-PDL1轴的改变引起的免疫耗竭和由JAK3-STAT6-FOS/JUN引起的免疫浸润。为了增加研究的可靠性,我们分别在200例PitNET和750例的验证队列中根据IHC染色评估组织样本中PDL1的表达。<br>  综上所述,本次研究从基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化水平对200例PitNET进行分析,构建蛋白基因图谱。从转录分型、蛋白分型和免疫分型重新定义PitNET亚型,并提出相对性的药物靶点,促进对PitNET的研究。

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发布时间 2024-08-01(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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