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摘要物种形成过程中种间基因流十分普遍，使得物种进化模式违背二歧分化，而表现为网状进化。广义大绿臭蛙（Odorrana graminea sensu lato）广泛分布于我国长江流域以南及东南亚，具有较高的遗传多样性。然而，该物种存在核-质系统发育关系不一致、物种组成不清楚、形态分化模糊等问题。基于线粒体 12S/16S rRNA 基因广义大绿臭蛙划分为 5个高度支持的支系，而核基因 RAG-1显示狭义大绿臭蛙西部、南部和东部 3支系混为一支，基于微卫星标记的种群遗传结构显示狭义大绿臭蛙包含2个遗传聚类。此外，广义大绿臭蛙包含 6~7 个候选物种，且支持率较低。使用单个或少数分子标记未能解决广义大绿臭蛙系统发育关系和物种组成。本研究基于母系遗传的线粒体全序列、双亲遗传的简化基因组和形态学数据，在溯祖理论的框架下，综合运用系统发育基因组学、谱系地理学和比较形态学方法，揭示了广义大绿臭蛙系统发育关系和进化历史，为解析臭蛙属物种演化机制提供理参考。主要研究结果：<br>　　（1）通过高通量测序，获得了 27条线粒体全序列。串联 37个线粒体基因，序列总长 15,365 bp。BI和 ML 树均显示广义大绿臭蛙划分为 5 个高度支持的支系，分别是大吉岭臭蛙（Odorrana chloronota）、圆斑臭蛙（Odorrana rotodora）、西部、南部和东部支系。基于 K2P 模型，支系间遗传距离远超种级分化水平，海南陵水吊罗山（DLS）和广东云浮（YF）组成的南部亚支系 A 与广西武鸣（WMGX）和广东封开（FK）组成的南部亚支系B之间的遗传距离为0.033，超种级分化水平。四种物种界定分析一致支持广义大绿臭蛙由6个候选物种组成，分别是大吉岭臭蛙、圆斑臭蛙、西部支系、东部支系、南部亚支系A和B。此外，广义大绿臭蛙5个支系的分化时间追溯至4.90-3.13 Mya。西部（约 0.075 Mya）和东部支系（约 0.08 Mya）于更新世发生种群扩张。<br>　　（2）通过对22个地理种群177号样品进行简化基因组测序（SLAF-seq），获得了1,155.00 Mb reads 数据，筛选得到 32,366 个高质量 SNPs 位点。Admixture 结果显示广义大绿臭蛙包含 4 个遗传聚类（最佳△K=4）。分布于珠江流域和海南岛的种群表现为马赛克式的遗传成分，保留祖先多态性。PCA 分析表明大吉岭臭蛙和圆斑臭蛙独立成簇，而其余支系混杂在一起、亲缘关系较近。ML 和 NJ 树均显示了广义大绿臭蛙划分 为 6个高度支持的支系（Clade A-F），与线粒体全序列基因树拓扑结构不一致。<br>　　（3）为探究哪些种群导致了广义大绿臭蛙核-质系统发育关系冲突，分别基于线粒体全序列和SNPs构建广义大绿臭蛙ML树，结果显示两棵树的主要差异在于海南陵水吊罗山（DLS）、广西武鸣（WMGX）、广东封开（FK）、广东云浮（YF）四个种群的系统发育位置发生了变化。Treemix和ABBA-BABA分析揭示了广义大绿臭蛙支系间存在广泛基因交流和不对称基因渐渗。PhyloNet分析揭示了海南陵水吊罗山（DLS）支系和由广西武鸣（WMGX）、隆安（LAGX）和贵州兴义（XYGZ）构成的支系为杂交起源。广义大绿臭蛙违背了二歧分化，表型为网状进化。<br>　　（4）进一步检验支系间形态分化是否显著，基于 28个地理种群 309号样本的 20项形态数据和9项气候分布点数据进行多元统计分析，结果显示，狭义大绿臭蛙分为西部、南部和东部3个形态群，对应3个显著分化的遗传支系。温度因子（年均温和最热月最高温）在南部与东部和西部种群间存在显著差异，降水因子（最湿季均温和降水量季节性变化方差）在东部与西部和南部种群间存在显著差异。受高温影响的南部种群分化出较小体型和相对较大的感觉器官，而分布于高湿润区的东部支系具有较大体型和相对较小的感觉器官。年均温变幅（Bio7）与雄性7项形态变异、雌性4项形态变异具有极显著或显著负相关。<br>　　结论：<br>　　1）基因流和基因渐渗、不完全谱系分选造成了广义大绿臭蛙存在核质系统发育关系不一致；<br>　　（2）广义大绿臭蛙进化模式表现为网状进化；<br>　　（3）广义大绿臭蛙由 6 个候选物种组成，分别是大吉岭臭蛙、圆斑臭蛙、西部、东部、南部亚支系A和B。<br>　　（4）青藏高原隆升、河流袭夺、气候变化驱动了广义大绿臭蛙物种形成与分化，更新世冰期-间冰期循环引起了种群扩张；<br>　　（5）狭义大绿臭蛙西部、南部和东部 3个形态群分化明显，与 3个显著的遗传分化支系相对应，年均温变幅（Bio7）是影响支系间形态变异的主导气候因子。