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宿主因子CD97通过抑制RIG-Ⅰ促进RNA病毒复制的机制研究

摘要近年来RNA病毒导致的人兽共患病肆虐横行,威胁动物和人类健康。因共性候选靶标分子的缺乏制约了广谱抗RNA病毒药物的研发。RNA病毒感染时,宿主的模式识别受体视黄酸诱导基因Ⅰ(Retinoic-acid-induciblegeneⅠ,RIG-Ⅰ)识别病毒核酸,激活下游接头蛋白MAVS、TBK1等一系列信号分子,导致分泌Ⅰ型干扰素(TypeⅠinterferon,IFN-Ⅰ)抑制病毒复制。IFN-Ⅰ是广谱抗病毒分子,宿主或病毒分别通过调控该通路的关键节点分子的表达或活性调控IFN-Ⅰ信号反应。探究调控IFN-Ⅰ的宿主因子,将为研发广谱抗病毒药物提供参考和依据。<br>  CD97(Clusterofdifferentiation97,CD97)是一种粘附型G蛋白偶联受体(Gprotein-coupledreceptors,GPCRs),GPCRs参与许多生理和病理过程,已成为新药研发的重要靶标分子。本实验室前期通过牛副流感病毒3型(Bovineparainfluenzavirus3,BPIV3)感染宿主细胞,转录组测序筛选到转录上调的CD97基因,进一步发现CD97促进BPIV3复制,然而CD97在水疱性口炎病毒(VesicularStomatitisVirus,VSV)等其他RNA病毒复制中的功能,尚不清楚。深入研究GPCRs与IFN-Ⅰ信号通路的调控关系,或许能够为病毒性疾病的治疗提供新的视角。本研究对CD97在RNA病毒诱导的IFN-Ⅰ信号反应中的功能与机制进行探讨,主要实验结果如下:<br>  (1)CD97促进VSV、SARS-CoV-2和H1N1的体外复制<br>  为研究CD97对RNA病毒复制的影响,我们选择了有代表性的RNA病毒:单股负链RNA病毒VSV和甲型H1N1流感病毒(InfluenzaAH1N1,H1N1)以及单股正链RNA病毒严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SevereAcuteRespiratorySyndromeCoronavirus2,SARS-CoV-2),进行了研究。首先建立了过表达或敲除/敲低CD97的HeLa、Caco-2和A549细胞系,通过Westernblot和流式细胞术进行了验证。分别使用VSV感染HeLa细胞、SARS-CoV-2感染Caco-2细胞和H1N1感染A549细胞,不同感染时间点收集细胞,通过RT-qPCR、Westernblot和TCID50检测病毒基因转录、蛋白表达和病毒滴度的变化。结果显示过表达CD97促进VSV、SARS-CoV-2和H1N1复制,敲除/敲低CD97抑制病毒复制。分别提取CD97基因敲除和野生型C57BL/6J小鼠的原代腹腔巨噬细胞,使用VSV和SARS-CoV-2感染,RT-qPCR和TCID50检测病毒复制,结果显示CD97基因敲除抑制病毒在原代巨噬细胞中的复制。使用小分子药物血根碱处理病毒感染的细胞,通过上述方法检测CD97的蛋白表达及病毒复制。结果显示血根碱抑制CD97的表达,并抑制VSV、SARS-CoV-2和H1N1的复制。这些结果表明,CD97促进VSV、SARS-CoV-2和H1N1的体外复制。<br>  (2)CD97通过抑制RIG-Ⅰ负调控IFN-Ⅰ信号反应<br>  为研究CD97是否通过影响IFN-Ⅰ信号反应促进病毒复制,使用IFN-β和干扰素刺激反应元件(InterferonStimulatedResponseElement,ISRE)启动子质粒与CD97质粒共同转染HEK-293T细胞,VSV和Poly(I:C)刺激12h,双荧光素酶报告基因实验结果显示CD97抑制IFN-β和ISRE启动子活性。使用病毒感染过表达或敲除CD97的细胞,RT-qPCR检测CD97对IFN的转录水平的影响,发现CD97抑制IFN-β和干扰素刺激基因(Interferon-stimulatedgenes,ISGs)的mRNA转录;Westernblot检测CD97对IFN-Ⅰ信号通路相关蛋白的影响,发现CD97抑制IRF3和TBK1的磷酸化。分别提取CD97基因敲除及野生型小鼠的原代腹腔巨噬细胞和骨髓巨噬细胞,VSV和Poly(I:C)刺激后检测IFN-Ⅰ的变化,得到与传代细胞一致的结果。通过免疫共沉淀检测与CD97相互作用的IFN-Ⅰ信号通路接头蛋白,发现CD97与RIG-Ⅰ存在相互作用。双荧光素酶报告基因实验结果显示CD97抑制RIG-Ⅰ诱导的IFN-β和ISRE启动子活性。最后,Westernblot实验结果显示VSV、SARS-CoV-2和H1N1感染时,CD97均能抑制RIG-Ⅰ的表达。这些结果表明,CD97通过抑制RIG-Ⅰ负调控IFN-Ⅰ信号反应。<br>  (3)CD97通过RNF125降解RIG-Ⅰ抑制IFN-Ⅰ信号反应<br>  为揭示CD97对RIG-Ⅰ的降解机制,使用蛋白酶体抑制剂MG132和自噬溶酶体抑制剂氯喹(CQ)处理过表达CD97的细胞,Westernblot结果显示在病毒感染时,MG132抑制CD97对RIG-Ⅰ的降解。通过CHX追踪实验发现敲除CD97抑制RIG-Ⅰ的降解,RT-qPCR结果显示CD97不影响RIG-Ⅰ的mRNA转录,以上表明CD97通过蛋白酶体途径降解RIG-Ⅰ。通过转染RIG-Ⅰ和泛素分子相应的质粒,免疫共沉淀检测RIG-Ⅰ的泛素化,发现CD97促进RIG-Ⅰ泛素化,且特异地增强RIG-Ⅰ发生赖氨酸48位连接的泛素化。为探究CD97降解RIG-Ⅰ的机制,通过转录组测序技术筛选到CD97调控RIG-Ⅰ降解的E3泛素连接酶RNF125,实验结果显示过表达CD97促进RNF125的表达。进一步通过免疫共沉淀验证了CD97与RNF125之间存在相互作用,免疫荧光验证它们之间存在共定位,且CD97的C末端与RNF125互作,而RNF125的N末端与CD97互作。将RNF125酶活性位点突变,发现与野生型RNF125相比,RNF125酶失活突变体不能与CD97协同降解RIG-Ⅰ,在CD97过表达细胞系中沉默RNF125则阻断其对RIG-Ⅰ的降解,说明CD97对RIG-Ⅰ的降解依赖于RNF125。泛素化实验进一步揭示了CD97和RNF125协同促进RIG-Ⅰ的泛素化,而在过表达CD97的细胞中沉默RNF125不能促进RIG-Ⅰ的泛素化。将RIG-Ⅰ的部分赖氨酸位点进行突变,发现CD97对RIG-Ⅰ的181位赖氨酸突变体影响不显著,也不能抑制其诱导的IFN-β启动子活性,表明RIG-Ⅰ的181位赖氨酸是CD97降解RIG-Ⅰ、抑制IFN-Ⅰ的关键位点。这些结果表明,CD97通过RNF125降解RIG-Ⅰ抑制IFN-Ⅰ信号反应。<br>  (4)CD97基因敲除增强小鼠对病毒的抵御<br>  为研究CD97在体内对病毒复制的功能,使用CD97基因敲除小鼠和对应的野生型C57BL/6J小鼠进行研究。分别经腹腔注射VSV、鼻吸接毒SARS-CoV-2和H1N1,不同时间点取小鼠组织,经研磨后通过RT-qPCR和TCID50检测病毒复制。结果显示,与野生型小鼠相比,CD97基因敲除小鼠的脾、肺、肝和鼻甲中的病毒复制减少。小鼠组织进一步通过RT-qPCR和ELISA检测IFN-Ⅰ信号反应,发现CD97基因敲除小鼠脏器中的IFN-Ⅰ表达显著高于野生型小鼠。VSV感染的肺组织经石蜡切片和Hamp;E染色检测病理变化,发现与野生型小鼠相比,CD97基因敲除小鼠的肺组织病理变化显著减弱。不同感染剂量的VSV和H1N1接种小鼠检测体重和存活率的变化,发现CD97基因敲除促进小鼠体重恢复、降低小鼠死亡率,表明CD97基因敲除通过增强小鼠IFN-Ⅰ的产生、抑制VSV等RNA病毒复制,抵御病毒感染。这些结果表明,CD97基因敲除增强小鼠对病毒的抵御。<br>  综上所述,本研究阐明了CD97通过RNF125降解RIG-Ⅰ负调控IFN-Ⅰ信号反应促进RNA病毒复制的分子机制。通过体内实验证明CD97基因敲除促进小鼠IFN-Ⅰ的产生、抑制小鼠体内的病毒复制,进而降低病毒感染引起的病理变化,增加小鼠存活率。本研究首次揭示了宿主因子CD97抑制IFN-Ⅰ信号反应促进病毒复制的分子机制,为广谱抗病毒药物研究提供了候选靶标分子,丰富了宿主蛋白调控天然免疫的理论知识。

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