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摘要湖泊是大气圈、陆地生态体系和水生态体系的结合点，存储着丰富的区域和全球性的环境变化信息，是揭示全球气候变化与区域响应的信息载体。乌伦古湖、吉力湖和阿拉哈克盐湖是新疆北部额尔齐斯河流域代表性尾闾湖，这些湖泊不仅在维持生态系统的平衡稳定中起着关键性作用，还与当地的农林牧副渔生产息息相关。当前受气候变化和人为干扰等因素的影响，湖泊出现了水体萎缩、富营养化、咸水化等问题，湖泊生态平衡面临着挑战。湖泊中的浮游生物和大型底栖动物是湖泊生态系统物质循环、能量流动的关键，其物种多样性能够反应出湖泊水质健康状况。为了解三个咸化湖泊的生物资源现状及水质状况，本研究于 2022年 5月（春季）和 8月（夏季）通过对乌伦古湖、吉力湖和阿拉哈克盐湖的水体理化因子的系统监测以及利用传统形态学方法结合eDNA技术对各湖泊浮游生物、大型底栖动物群落组成、丰度和生物量时空分布格局进行分析比较。结果显示：<br>　　（1）三个咸化湖泊水体理化因子时空变化明显，部分水体理化因子在夏季和春季具有显著差异性（P＜0.05）。总体来说，阿拉哈克盐湖pH最高，为碱性湖泊，乌伦古湖和吉力湖为弱碱性湖泊；阿拉哈克盐湖盐度显著高于其他两个湖泊（P＜0.05），乌伦古湖和吉力湖为微咸水湖；阿拉哈克盐湖水体溶解氧含量显著小于乌伦古湖和吉力湖（P＜0.05）；吉力湖总氮、总磷、叶绿素-a的含量最高。综合营养状态指数显示三个咸化湖泊夏、春季节均为中营养。<br>　　（2）基于形态学方法三个咸化湖泊共检出浮游植物10门123属，浮游动物5门54属，大型底栖动物40种。乌伦古湖检出浮游植物8门88属，浮游动物4门37属，大型底栖动物21种；吉力湖检出浮游植物9门101属，浮游动物4门36属，大型底栖动物23种；阿拉哈克盐湖检出浮游植物8门84属，浮游动物5门30属，大型底栖动物5种。浮游植物和大型底栖动物丰度和生物量表现为：吉力湖＞乌伦古湖＞阿拉哈克盐湖；浮游动物丰度和生物量表现为：阿拉哈克盐湖＞吉力湖＞乌伦古湖。夏季浮游植物、浮游动物丰度和生物量显著大于春季（P＜0.05），夏季大型底栖动物丰度和生物量显著小于春季（P＜0.05）。<br>　　（3）浮游生物、大型底栖动物群落结构演替受多种水体环境因子影响，乌伦古湖浮游植物和大型底栖动物群落结构演替主要影响因子为：盐度、温度、溶解氧和温度、盐度、叶绿素-a、pH。吉力湖浮游植物和大型底栖动物群落结构演替主要影响因子为：溶解氧、盐度、温度、总磷和盐度、温度、溶解氧、叶绿素-a。阿拉哈克盐湖浮游植物和大型底栖动物群落结构演替主要影响因子为：盐度、温度和叶绿素-a、盐度、温度、溶解氧。三个咸化湖泊浮游动物群落结构演替主要影响因子均为温度、盐度、叶绿素-a和溶解氧。<br>　　（4）与形态学方法相比，eDNA技术在浮游植物蓝藻门、绿藻门或一些微微型浮游植物的监测中具有巨大的潜力，但是对于硅藻门的检出效果一般。eDNA技术对浮游动物原生动物门的监测效果较好，但是在枝角类的监测中效果较差。eDNA技术对大型底栖动物的检出率更高，尤其是对昆虫纲和寡毛纲的检出。eDNA技术评估昆虫纲和寡毛纲的相对丰度显著高于形态学方法，但是eDNA技术在软体动物的检出中效果较差。除此之外，eDNA技术对盐湖浮游生物、大型底栖动物的本土种较难检出。<br>　　综上所述，本研究调查了三个咸化湖泊浮游生物、大型底栖动物群落结构的时空分布格局，通过RDA分析浮游生物、大型底栖动物群落结构演替的主要影响因子，并揭示了eDNA技术在三个咸化湖泊中对浮游生物、大型底栖动物多样性的评估效果，分析了乌伦古湖、吉力湖水质状况，为三个咸化湖泊生态保护与资源的可持续利用提供了基础数据。