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基于生物信息学构建胃癌PRR15L相关ceRNA调控网络

摘要【目的】<br>  构建胃癌PRR15L有关ceRNA调控网络,探索mRNA、miRNA和lncRNA三者的关系,结合免疫细胞浸润和预后分析研究胃癌的致癌机制,为探索胃癌的新预后标记和可能的治疗靶点提供了理论基础。<br>  【方法】<br>  从TCGA数据库下载33种肿瘤表达数据、及生存数据后,首先使用perl语言对数据进行归一化处理,得到目标基因PRR15L表达数据。再用R语言分析得到PRR15L在癌症中差异表达与预后表达。接着将上述差异表达及预后表达分析结果在GEPIA数据库进一步验证,最后使用R语言对胃癌PRR15L基因进一步K-M预后分析。通过starbase数据库筛选与PRR15L结合的miRNAs及lncRNAs,再用R语言对上述结果进行差异分析、相关性分析及生存分析,确定PRR15L上游的miRNAhsa-miR-133a-3p和lncRNADLEU1,构建ceRNA网络。最后,通过R语言使用TCGA数据库分析了胃癌PRR15L与免疫细胞浸润相关性以及其免疫相关检查点的表达。<br>  【结果】<br>  通过一系列生物信息学分析,筛选出可与PRR15L结合的miRNAs是22个以及与目标miRNAhsa-miR-133a-3p结合的lncRNAs是17个。进一步分析,得到胃癌PRR15L相关上游lncRNA是DLEU1。研究表明PRR15L在多种肿瘤中尤其是胃癌中的表现为高表达水平,低风险因素,对胃癌预后是保护因素(HR=0.813,P=0.001)。其低表达往往预示着不良的肿瘤预后。对胃癌进一步分析,在胃癌中与PRR15L结合的上游miRNA和lncRNA构建的胃癌ceRNA调控网络显示,PRR15L与hsa-miR-133a-3p负相关(R=-0.22,P=1.6e-05),hsa-miR-133a-3p与DLEU1负相关(R=-0.26,P=2.4e-07),PRR15L与DLEU1正相关(R=0.12,P=0.017)。生存分析PRR15L高表达预后好,hsa-miR-133a-3p高表达预后差,DLEU1高表达预后好。这三者关系符合ceRNA调控网络关系。胃癌的发生发展机制与PRR15L的低表达、胃细胞癌中的免疫细胞浸润以及免疫检查点的表达有关。<br>  【结论】<br>  通过生物信息学分析研究发现PRR15L在多种肿瘤尤其是胃癌中高表达低风险因素,对胃癌预后是保护因素。与之其结合的hsa-miRNA-133a-3p在胃癌中高表达低生存性,因此,PRR15L可以作为一个胃癌的研究靶点,其表达可能与预后相关。PRR15L与肿瘤免疫细胞浸润及免疫检查点表达相关。综上所述,基于PRR15L的ceRNA网络调节DLEU1/hsa-miR-133a-3p/PRR15L轴有望成为胃癌新的预后生物标志物及潜在治疗靶点,为进一步探索胃癌发生发展的信号通路机制提供新的作用靶点。

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导师 罗文英
学位信息:
广东医科大学 临床医学 临床检验诊断学(硕士) 2024年
发布时间 2024-08-19(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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