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基于单细胞拟时间序列基因建立肝内胆管癌预后风险模型的研究

摘要目的:<br>  肝内胆管癌是肝胆系统常见恶性肿瘤,起病隐匿,预后差。构建预后风险模型将有助于对胆管癌患者的精细化管理。组织学异质性是胆管癌的重要病理特征,不同类型胆管癌细胞可能发挥不同功能共同影响肿瘤恶性行为。我们推测使用反应不同类型胆管癌细胞间演化关系的基因集,联合普通转录组测序数据,能够构建出临床表现良好的预后风险模型。<br>  方法:<br>  我们采用公共数据库中的14份肝内胆管癌相关样本的单细胞测序数据,共包含35544个细胞。除利用常规分析方法定义肿瘤微环境的各细胞亚群外,我们尤其关注对不同胆管癌细胞亚群进行定义和分析,并采用拟时间序列分析获得反应不同类型胆管癌细胞间演化关系的基因集。我们使用GEO数据库中胆管癌普通转录组测序数据,获得癌和癌旁样本的差异基因集。将GEO队列分为训练集和测试集。在训练集中利用上述基因集构建了胆管癌预后风险模型,在测试集和TCGA数据集中验证,并进一步观察了风险模型与免疫治疗反应的相关性。<br>  结果:<br>  基于肝内胆管癌单细胞测序数据,共确定了 389 个胆管癌细胞拟时间序列差异基因,1256个普通转录组差异基因,最终构建了含有 6个基因的预后风险模型。根据预后风险模型获得风险评分,按其中位数将患者分为高风险组和低风险组。多因素 COX回归分析表明,风险评分是 GEO肝内胆管癌队列的独立的预后因素。免疫特征分析显示,高风险组样本呈现出明显的免疫细胞浸润异质性。<br>  结论:<br>  本研究为肝内胆管癌患者提出了一种基于胆管癌细胞拟时间序列差异基因的风险模型。高风险评分人群与低风险评分人群具有不同免疫细胞浸润状态。该风险模型将有助于判断肝内胆管癌患者预后及对免疫治疗反应情况给予相关解释。

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导师 樊钟琦
分类号 R735.8R730.7
发布时间 2024-08-19(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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