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微生物二代测序在间质性肺疾病合并感染的临床应用价值

摘要目的:本研究初步探讨微生物二代测序在间质性肺疾病合并感染的临床应用价值。<br>  方法:回顾性分析2022年1月—2023年12月于河北医科大学第二医院呼吸与危重症一科住院治疗的间质性肺疾病(interstitial lung disease,ILD)患者的病历资料。以其中符合纳入标准的患者作为研究对象,纳入了82例间质性肺疾病合并感染的患者。这82例患者既采用常规病原微生物检查(肺泡灌洗液、痰液、血液、肺穿刺组织培养、涂片)同时也应用了微生物二代测序(Next-generation sequencing,NGS)进行病原体检查。分析这些患者的病原微生物分布特征,比较两种检查方式在病原微生物检出率,病原体分布情况,并评估NGS对临床治疗的影响。<br>  结果:本研究共纳入82例患者,男性43例,女性39例,平均年龄63.85±13.44岁。<br>  NGS检测方法:66例(80.5%)患者NGS检测结果为阳性,其中细菌49例(59.8%),真菌35例(42.7%),病毒28例(34.1%),非典型病原体4例(4.9%)。共检出39种病原体,共160株,其中细菌74株,主要为肺炎链球菌13株、肺炎克雷伯菌9株、屎肠球菌9株、鲍曼不动杆菌8株、流感嗜血杆菌8株、铜绿假单胞菌6株;真菌45株,主要为白色念珠菌23株、光滑念珠菌5株、热带念珠菌4株、烟曲霉4株、耶氏肺孢子菌3株;病毒37株,主要为EB病毒16株、巨细胞病毒9株、疱疹病毒1型7株、人多瘤病毒5型3株;此外NGS还检测出2株肺炎支原体、1株嗜肺军团菌、1株Q热立克次体。单一型感染32例(48.5%),混合感染34例(51.5%),最常见的混合感染类型是细菌+真菌+病毒感染(38.2%)及细菌+真菌感染(35.3%)。<br>  常规检测方法:30例(36.6%)患者常规检测方法结果为阳性,共检出9种病原体,共41株。其中真菌21株,主要为白色念珠菌13株、烟曲霉4株、热带念珠菌2株、光滑念珠菌2株;细菌19株,主要为肺炎克雷伯菌7株、铜绿假单胞菌5株、鲍曼不动杆菌4株;病毒未检出。<br>  NGS与常规检测方法结果的比较:NGS对病原微生物的检出率高于常规检测方法,差异具有统计学意义(P<0.05),但Kappa=0.203<0.4,可认为两种检查方法一致性较差。NGS在细菌、真菌及混合感染的检出率均高于常规方法,差异具有统计学意义(P<0.05)。<br>  NGS检测与常规方法在不同样本检出情况:82例患者的样本类型有22例来自深部痰,57例来自肺泡灌洗液,2例来自血液,1例来自肺穿刺组织。NGS检测在痰标本和肺泡灌洗液检出率比常规检测高,差异具有统计学意义(P<0.05)。<br>  NGS在82例患者治疗方案的调整情况:82例患者在NGS结果回报前均进行了经验性抗感染治疗。NGS结果报告后,有59例患者根据NGS检测结果调整了抗微生物药物治疗方案。40例患者开始全身使用激素治疗。<br>  结论:在间质性肺疾病合并感染患者中,NGS检测的检出率高于常规病原学检查方法;肺部感染,包括混合感染在ILD患者中常见,其病原体分布情况:细菌(59.8%)、病毒(34.1%)和真菌(42.7%);同时依据NGS结果可以帮助临床医师合理进行抗感染治疗。

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