摘要肿瘤免疫疗法主要通过激活患者自身的免疫系统来清除肿瘤细胞。然而,现有的抗体阻断疗法存在疗效不佳、只对部分患者有效、副作用严重等问题。CD47/SIRPα信号通路是肿瘤免疫领域的重要检查点。尽管靶向CD47的单克隆抗体疗法在肿瘤免疫治疗的临床试验中表现出显著的效果,但也存在一些不可避免的缺陷。与单克隆抗体相比,多肽作为候选药物有诸多优点。目前,噬菌体展示技术已成为获得特定功能性多肽的主要手段之一。因此,本论文首先通过二代噬菌体展示(Next-generation phage display,NGPD)淘选实验获得了大量候选CD47结合肽。然后,基于候选CD47结合肽数据,构建了专门识别CD47结合肽的在线生物信息学工具,实现了高效、低成本地获取CD47结合肽。具体工作如下:<br> 第一,本论文进行了NGPD淘选实验,淘选到大量靶向CD47的多肽。在两个不同浓度(0.1μM和1μM)的重组人CD47蛋白质条件下,分别进行两轮NGPD淘选实验,获得了具有不同亲和性的噬菌体克隆。随后,对第二轮淘选实验的扩增产物进行了Illumina测序,并对测序数据进行分析。最终,得到了超过一百万条候选的CD47结合肽。<br> 第二,本论文构建了一个用于预测CD47结合肽的集成预测模型。首先,收集NGPD淘选实验得到的候选CD47结合肽并划分数据集。接着,通过比较10种基于多种肽描述符的传统机器学习方法和 3 种深度学习方法在训练数据集上的平均性能选出表现最优的计算模型来构建识别CD47结合肽的预测模型。经过比较,确定使用支持向量机(Support vector machine,SVM)构建最终的集成预测模型。在五折交叉验证中,该模型表现出良好的特异度、准确度和敏感度,分别为0.755、0.764和0.772。最后,将该预测模型开发成一个名为CD47Binder的在线生物信息学工具(http://i.uestc.edu.cn/CD47Binder/cgi-bin/CD47Binder.pl)。<br> 在本研究中,通过NGPD淘选得到的靶向CD47、具有肿瘤治疗前景的候选多肽有望被开发成用于肿瘤免疫治疗的肽类药物;建立的在线生物信息学工具可以实现快速且低成本地识别CD47结合肽,助力靶向CD47/SIRPα信号通路的抗肿瘤药物研究。
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