摘要背景和目的:<br> 肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma, HCC)在全球最常见的恶性肿瘤中排名第6,在癌症相关死亡中排名第3。早期转移和术后高复发率是HCC预后差的原因。HCC依赖于新血管的形成来生长,肝组织内丰富的血管网络为HCC的血管生成提供了条件,在促进肝脏肿瘤发生和癌症进展中起着至关重要的作用。虽然抗血管生成药物如索拉非尼和贝伐单抗对部分HCC患者有一定的疗效,但仍受到不满意的有效率和耐药的困扰。因此,寻找新的血管生成生物标志物来预测HCC患者的预后至关重要。<br> 方法:<br> 从癌症基因组图谱(TCGA)获取HCC的lncRNA表达数据。在GSEA数据库中获得与血管生成相关的基因,并筛选与血管生成相关mRNA有关lncRNA作为下一步研究。根据血管相关的lncRNA进行无监督聚类,接着使用该分组进行Kaplan-Meier分析患者总生存期和复发的情况,使用机械学习的方法随机生存森林(random survival forest,RSF)进行模型构建,使用一种基于lncRNA的分类器来预测复发。预测能力通过接受者操作特征(AUC)下的面积进行评估。通过时间依赖性AUC(tdAUC)访问分类器的预后值,最后进行靶点的预测。<br> 结果:<br> 通过相关分析共鉴定出348个差异表达的血管生成相关lncRNA。然后,通过单变量cox分析,从中选择20个lncRNA,用于机器学习的深入研究。通过随机森林算法计算1000个随机采样周期,发现4个lncRNA与HCC预后高度相关,分别为LUCAT1、AC010761.1、AC006504.7和MIR210HG。随后,训练集和验证集的结果显示,基于四个lncRNA的风险模型适用于预测HCC复发。通过探索lncRNAMIR210HG在HCC细胞中的生物学功能,验证了该模型的可靠性。<br> 第一部分基于血管生成相关lncRNA的肝癌预后预测模型的建立<br> 结论:<br> 使用机械学习开发的多lncRNA的风险模型可以有效的预测患者复发,有作为生物标记物的潜力。<br> 背景和目的:<br> HCC是一种常见的癌症,它的死亡率在所有癌症中排名第三。肝癌的治疗方法有很多,但由于恶性程度高、复发率高、耐药等原因,肝癌患者5年生存率仍仅为18%。因此,迫切需要进一步的研究来确定HCC的最佳治疗方案。LncRNAs已被证实在肝癌的发生发展过程中起到了不可替代的作用。研究表明lncRNA能作为关键的调节因子参与细胞的增殖和死亡,参与细胞核和细胞质中各种过程的调控,涉及免疫、癌症和应激等领域的生物发育过程,它们能在转录和转录后水平上通过基因调控在协调血管生成中发挥作用。大多数肿瘤需要通过血管生成等过程建立血管供应,才能生长到超过1-2毫米大小。因此探究血管生成相关的lncRNALUCAT1、AC010761.1、AC006504.7和MIR210HG在肝癌中的作用有助于我们理解肝癌的发生发展过程及研发更有效的靶向药物,并验证我们所构建的预后模型的可靠性。<br> 方法:<br> 获取人肝癌组织标本与正常肝组织标本,通过PCR分析两者之间血管相关lncRNALUCAT1、AC010761.1、AC006504.7和MIR210HG的表达差异。检测肝癌细胞系中血管相关lncRNAMIR210HG的表达量。敲除肝癌细胞中血管相关的lncRNAMIR210HG后,通过CCK8实验、荧光染色来分析血管相关lncRNAMIR210HG对肝癌细胞增殖的影响;通过划痕实验来分析血管相关lncRNAMIR210HG对肝癌细胞迁移的影响;通过transwell实验来分析血管相关lncRNAMIR210HG对肝癌细胞侵袭的影响。通过内皮细胞转化实验探究血管相关lncRNAMIR210HG对血管转化的影响。通过免疫蛋白印迹实验分析血管相关lncRNAMIR210HG下游靶分子。通过皮下瘤实验来分析lncRNAMIR210HG在体内的作用。<br> 结果:<br> 肝癌组织中血管相关lncRNALUCAT1、AC006504.7和MIR210HG表达含量高于正常肝组织,但AC010761.1低于正常肝组织。在体外细胞实验中,我们发现大部分细胞系中MIR210HG表达量高于正常肝细胞系。敲除MIR210HG的肝癌细胞的增殖能力、迁移能力、侵袭能力,促内皮细胞分化能力减弱。敲第二部分对血管生成相关的lncRNA在肝癌发生发展中作用的验证<br> 除MIR210HG的肝癌细胞中PFKFB4和SPAG4表达减少。敲除MIR210HG的肝癌细胞在小鼠皮下成瘤的大小比未敲除组小。<br> 结论:<br> 我们在第一部分筛选出的血管生成相关lncRNA在肝癌中高表达,这验证了预后模型的可靠性。其中MIR210HG能通过调节PFKFB4和SPAG4表达促进肝癌的增殖能力、迁移能力、侵袭能力和促内皮细胞分化能力,可作为治疗肝癌的靶点。
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