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摘要目的：<br>　　1. 开展系统深入的分类学研究，明确雷州半岛江蓠科物种多样性，为该地区海洋中药资源的保护与合理开发提供科学依据。<br>　　2. 丰富江蓠科物种的叶绿体基因组数据库，为后续的分类学研究与系统发育分析提供高质量的参考基因组。<br>　　3. 基于叶绿体基因组学分析，厘清江蓠科的属级划分和物种界定问题，为其分类学研究、进化模式及遗传多样性分析提供坚实的理论支持。<br>　　方法：<br>　　本研究依托雷州半岛独特而丰富的海藻生态生境，综合运用传统形态解剖学与分子系统分类学方法（rbcL和cox1），首次对雷州半岛沿海江蓠科物种进行了系统且全面的分类鉴定。同时，采用高通量测序技术，对海南江蓠（Gracilaria hainanensis）的叶绿体基因组进行了完整测序与注释，并结合其他已公开的江蓠科物种叶绿体基因组数据，开展了基因组结构特征、基因共线性、密码子使用偏好性及Ka/Ks选择压力等比较基因组学分析。最终，基于江蓠科物种叶绿体基因组中共有的蛋白质编码基因，进行系统发育分析。<br>　　结果：<br>　　1. 结合形态学与分子分析方法，共鉴定出 8 个江蓠属物种（包括缢江蓠G. salicornia、海南江蓠G. hainanensis、刺边江蓠G. spinulosa、细基江蓠 G. tenuistipitata、硬江蓠 G. firma、帚状江蓠 G. edulis 及 2个未定种Gracilaria sp.1和Gracilaria sp.2），以及1 个拟江蓠属物种（异枝拟江蓠 Gracilariopsis heteroclada）。其中，刺边江蓠为雷州半岛海域的首次报道，进一步丰富了该地区江蓠科物种多样性。此外，本研究修订了细基江蓠及其繁枝变种G. tenuistipitata var. liui 与长喙江蓠G. longirostris 的分类学信息，并揭示了两个隐存种的存在。<br>　　2. 本研究首次完成海南江蓠叶绿体基因组的完整测序与注释，其基因组为环状DNA分子，全长187,014bp，GC含量为28.44%，共包含237个功能基因，包括204个蛋白质编码基因、1个核糖核酸酶基因（rnpB）、3个rRNA基因（rns、rrn5、rnl）及29个tRNA基因。其编码区总长度为151,158bp，占整个基因组的80.83%，且存在10对重叠基因。密码子偏好性分析（ENC）表明，该基因组密码子整体偏好性较弱，受突变压力和自然选择的共同作用影响。RSCU分析表明，该基因组对亮氨酸密码子UUA具有较强偏好性，并倾向于使用A/U结尾的密码子。<br>　　3. 比较基因组学分析结果显示，江蓠科物种的叶绿体基因组整体结构高度保守，但在特异基因、共线性区域及基因重叠等方面呈现出明显的属间差异。例如，ycf53-carA基因重叠现象及ycf61基因区段共线性特征仅在江蓠属的基因组中观察到，而petP和orf192基因则为拟江蓠属所特有。这些基因组结构上的差异为江蓠属与拟江蓠属分别形成单系类群提供了有力的分子证据。RSCU分析结果进一步显示，江蓠科物种的RSCU值差异较小，普遍小于1，且对UUA编码的亮氨酸表现出明显偏好。Ka/Ks压力分析表明，该科大多数蛋白质编码基因的Ka/Ks值均低于1，说明其整体受到了强烈的负选择作用。此外，基于叶绿体基因组的系统发育分析结果显示，江蓠属与拟江蓠属分别形成具有较高支持度的单系类群。<br>　　结论：<br>　　1. 综合形态学与分子证据有效解决了长期存在的物种鉴定难题（如细基江蓠），揭示了该地区江蓠科物种的丰富多样性及潜在新种的存在，并指出了现有分类体系中的争议和待解决问题。<br>　　2. 本研究首次完成了海南江蓠叶绿体基因组的测序与注释，揭示了其基因组结构特征及密码子使用偏好，进一步丰富了江蓠科叶绿体基因组数据库。<br>　　3. 基于叶绿体基因组学分析，进一步明确了江蓠属和拟江蓠属均为单系类群，为厘清两者的系统发育关系提供了重要的分子证据。