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睾丸酮丛毛单胞菌适应环境和进化的基因组学研究

摘要睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas testosteroni)CNB-1是本实验室早期从处理芳烃类化合物生产废水的活性污泥中分离纯化到的一株能降解对氯硝基苯的细菌。本研究在已有工作的基础上,对该菌株的全基因组进行测序,该菌基因组包括一个环状染色体和一个大质粒。染色体DNA全长为5373643 bp,编码4803个开放阅读框(ORFs),3个rRNA的操纵元,79个对应于所有20个氨基酸的tRNA基因。其中3535个ORF编码有明确功能的蛋白,866个编码保守蛋白,525个编码推测的蛋白;环状质粒全长为91181 bp,属于IncP-1β亚群,一共编码95个ORFs。所有编码序列占所有序列长度的86.4%,平均每个编码序列的长度为963 bp。生物信息学分析表明:1)菌株CNB-1基因组共有22%的基因编码转运相关蛋白,这些蛋白可以有效的帮助细菌转运各种细胞生长所必需的底物例如二碳和三碳化合物,同时排出各种有害物质以及重金属等;2)CNB-1不能有效利用葡萄糖等生长,其代谢途径缺少关键酶葡萄糖激酶和己糖激酶,但是可利用多种芳烃如:苯酚、苯甲酸、m-羟基苯甲酸、p-羟基苯甲酸、龙胆酸等等作为碳源,同时该菌有众多的氨基酸转运蛋白,可以降解利用多种氨基酸作为碳源和氮源,而且有一个基因簇编码降解睾丸酮的所有基因;3)CNB-1进化出大量的双组分和单组分信号转导系统,而且这些信号转导蛋白有着复杂的组织结构,包含有很多不同的功能域,这可能是该菌对环境变化快速适应的重要机制之一;4)CNB.1基因组有三个不同的末端氧化酶参与呼吸链,这可以帮助细胞在不同的氧浓度下生长,包括微氧环境条件下生长;同时,该菌也可以在有氧条件下利用硝酸盐进行反硝化;5)基因组上还分布着众多的编码抗逆蛋白的基因,可以帮助细胞抵御各种不利条件的环境影响;6)质粒上携带的基因分别负责质粒的复制、维持与稳定,砷酸盐和铬酸盐的抗性以及对氯硝基苯的降解,分析菌株CNB-1和前人报道的其它降解菌表明,降解对氯硝基苯基因簇和降解硝基苯基因簇是独立进化而来的,且在这一程中发生了基因重组和基因横向转移。以上结果,在基因组水平上揭示了丛毛单胞菌CNB-1适应环境和进化的途径和机制。

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