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摘要铜鱼(Coreiusheterodon)俗称尖头水密子、退鳅、假肥沱等,圆口铜鱼(Coreiusguichenoti)俗称肥沱、方头水密子、圆口等。两者均隶属于鲤形目(Cypriniformes),鲤科(Cyprinidea),绚亚科(Gobioninae),铜鱼属(Coreius),而且生活习性极为相似,都是生活于江河流水环境的底层鱼类。铜鱼广泛分布于长江水系,特别是长江中上游干支流,在黄河水系也有分布；圆口铜鱼是长江上游的特有鱼类,主要分布于长江上游干支流。铜鱼和圆口铜鱼都是长江中上游的重要经济鱼类。<br>　　 然而,近几十年来,长江干支流不断兴建水利枢纽工程(如葛洲坝、三峡大坝),铜鱼和圆口铜鱼原来的生活环境发生改变,特别是水流变缓严重影响了它们的生存。喜激流的生活习性和大坝使水流变缓的现实迫使它们向上游迁移,监测表明三峡水库两种铜鱼的资源量明显下降。两种铜鱼若干年长时间生活于改变的水环境中,必然产生适应性改变,包括遗传物质的变化。为了长期追踪研究三峡水库铜鱼和圆口铜鱼种群遗传结构变化的过程,揭示鱼类适应环境的遗传机制,有必要在三峡水库形成之初获得两种铜鱼遗传多样性的背景数据,作为以后比较的本底资料。这也可为长江中上游野生铜鱼和圆口铜鱼的遗传资源保护提供科学依据。<br>　　 本研究包括两大部分:第一部分是利用线粒体DNA的控制区序列,研究长江中上游野生铜鱼的遗传多样性和群体遗传学特征。从9个采样点(合川、木洞、涪陵、万州、巫山、三斗坪、宜昌、岳阳和金口)共采集野生铜鱼标本100尾,经过PCR扩增和DNA测序,获得铜鱼的线粒体控制区序列,最后用于分析的控制区的片段序列为946bp。在100个序列中,共检测出变异位点47个(其中增添/缺失位点8个),单倍型41种。9个地理群体总的平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.9257±0.0162和0.004178±0.002337,表现出较贫乏的遗传多样性。群体间的分子方差分析(AMOVA)、遗传分化指数(FST值)、平均基因流(Nm值)和平均K2-P遗传距离均表明铜鱼的9个地理群体间存在广泛的基因交流,未明显发生群体遗传分化。另外,群体间的共享单倍型比例较高,约为34％(14/41)；单倍型的UPGMA分子系统树和简约网络图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性。上述结果表明铜鱼的9个地理群体属于同一种群。<br>　　 另一部分是利用线粒体的细胞色素b基因,研究长江中上游野生圆口铜鱼的遗传多样性和进行种内支系分析。从7个采样点(彭水、木洞、涪陵、万州、巫山、宜昌和金口)共采集野生圆口铜鱼标本117尾,经过PCR扩增和DNA测序,获得圆口铜鱼的线粒体细胞色素b基因序列,最后用于分析的细胞色素b基因序列为1140bp。在117个序列中,共检测出变异位点39个,单倍型32种。7个地理群体间的分子方差分析(AMOVA)、遗传分化指数(FST值)、平均基因流(Nm)和平均K2-P遗传距离均表明圆口铜鱼7个地理群体间存在广泛的基因交流,未表现地理群体的遗传分化。另外,地理群体间的共享单倍型比例较高,约为44％(14/32)；单倍型的UPGMA分子系统树和简约网络图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性。<br>　　 然而,圆口铜鱼的32种单倍型聚类成3大支系,AMOVA分析、FST值、Nm值和K2-P遗传距离均显示,3个支系之间存在极显著的遗传分化(FST=0.87090,p=0.00)。分析117个个体在3个支系中的分布情况,发现支系间这种较大的遗传差异与地理分布没有相关性。而且,3个支系两两间的Nm值均小于1(平均.Nm=0.04),预示着隔离可能产生,随着时间的推移,变异逐渐积累,圆口铜鱼的遗传分化可能进一步加剧。另外,利用限制性内切酶AccⅠ和NcoⅠ,建立了鉴定圆口铜鱼3个支系的分子标记技术。<br>　　 圆口铜鱼117个个体总的平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.9035±0.0151和0.005840±0.003074,表现出较丰富的遗传多样性。但是,A、B、C支系的遗传多样性水平均很低,Pi值分别为0.001106±0.000787、0.001045±0.000766和0.001056±0.000767,远低于7个地理群体和117个样本总的遗传多样性水平。所以,我们认为长江中上游野生圆口铜鱼的表观遗传多样性相对较为丰富,而存在频繁基因交流的、能够真实反映其进化潜能的每个支系的遗传多样性却很贫乏。