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基于线粒体DNA的16S rRNA、COⅠ和COⅡ基因的黄脊竹蝗5地理种群遗传多样性研究

摘要本论文以线粒体DNA中的16S rRNA基因、COⅠ基因和COⅡ基因为分子标记,对湖南桃江、广东广宁、广西桂林、重庆永昌和四川长宁5个黄脊竹蝗地理种群的遗传多样性及遗传分化进行了分析,得到了以下研究结果:<br>   (1)通过PCR扩增出的16S rRNA基因部分序列长506 bp。A、T、G和C平均含量分别为32.0%,37.7%,17.6%,12.7%。A+T含量较高,为69.7%,G+C含量较低,为30.3%,存在着明显的A/T碱基偏向。所测序列经Clustal X1.81软件分析比对,其中保守位点数(C:Conserved sites)504个,变异位点数(V:Variable sites)2个,简约信息位点数(Pi:Parsimony Information sites)0个,自裔位点数(S:Singleton sites)2个。<br>   (2)通过PCR扩增出的COⅠ基因序列长640 bp。A、T、G和C平均含量分别为36.8%,33.3%,13.2%,16.7%。A+T含量较高,为70.1%,G+C含量较低,为29.9%,存在着明显的A/T碱基偏向。所测序列经Clustal X1.81软件分析比对,其中保守位点数638个,变异位点数2个,简约信息位点数1个,自裔位点数1个。<br>   (3)通过PCR扩增出的COⅡ基因序列长746 bp。A、T、G和C平均含量分别为39.8%,31.7%,13.2%,15.3%。A+T含量较高,为71.5%,G+C含量较低,为28.5%,存在着明显的A/T碱基偏向。所测序列经Clustal X1.81软件分析比对,其中保守位点数742个,变异位点数4个,简约信息位点数0个,自裔位点数4个。<br>   (4)对5个地理种群黄脊竹蝗的遗传距离分析显示,16S rRNA基因序列间的遗传距离为0—0.004,所有序列的平均距离为0.0016。整个16S rRNA基因序列的碱基转换数为1,颠换数为1。COⅠ基因序列间的遗传距离为0—0.0031,所有序列的平均距离为0.0016。整个COⅠ基因序列的碱基转换数为2,颠换数为0。COⅡ基因序列间的遗传距离为0.0013—0.0027,所有序列的平均距离为0.0021。整个COⅡ基因序列的碱基转换数为3,颠换数为1。总的来看,5个黄脊竹蝗地理种群之间的16S rRNA基因、COⅠ基因和COⅡ基因差异都很小,表明黄脊竹蝗种群分化程度很低,遗传多样性单一。<br>   (5)以16S rRNA基因、COⅠ基因和COⅡ基因为分子标记,利用邻近法(NJ),最小进化法(ME),和非加权配对算术平均法(UPGMA)构建黄脊竹蝗5个地理种群的系统进化树。根据进化树分析,发现利用NJ法和ME法对同一组基因序列构建的分子系统树拓扑结构完全相同,利用UPGMA法对同一组基因序列构建的分子系统树拓扑结构与NJ法、ME法构建的具有很大的差异。用同一建树方法分别对16S rRNA基因、COⅠ基因和COⅡ基因序列构建的系统树拓扑结构没有形成相同或相似的聚类关系。

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