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摘要裸胸鳝(Gynmothorax)是我国东南沿海重要的珊瑚礁鱼类，也是我国重要的渔业资源。随着海洋环境的污染和人为过度捕捞等因素，裸胸鳝资源日渐减少。为科学地保护与开发利用裸胸鳝资源，有必要加强对其种质状况进行研究。本研究采用三种分子标记手段(线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(COⅡ)基因、16SrRNA基因、线粒体D-Loop序列)对中国南海裸胸鳝属鱼类系统进化关系进行研究，为其群体遗传多样性评估和资源保护提供科学依据，研究结果如下：<br>　　 1.COⅡ基因、16SrRNA基因及波纹裸胸鳝线粒体D-Loop序列中都表明在四个碱基中A的含量最高，A+T含量高于C+G含量。其结果与鱼类控制区的研究结果一致，也与其它脊椎动物mtDNA碱基组成相似。<br>　　 2.COⅡ基因序列的核苷酸碱基替换表现出碱基的替换高于碱基的颠换。在三联体密码子中，密码子第三位的转换与颠换的比值低于密码子的第一位和第二位。<br>　　 3.在以COⅡ基因序列构建的系统发育树中，MP树、NJ树和ME树均具有基本相同的拓扑结构。三种系统树均表明，10种裸胸鳝分为4大分支。黑点裸胸鳝(G.melanospilus)、黑斑裸胸鳝(G.favagineus)、细斑裸胸鳝(G.fimbriatus)、宽带裸胸鳝(G.rueppeliae)聚为一个大支，蠕纹裸胸鳝(G.kidako)(来自日本海)、波纹裸胸鳝(G.undulatus)、云纹裸胸鳝(G.chilospilus)和黄边裸胸鳝(G.flavimarginatus)聚为一个大支，网纹裸胸鳝(G.reticularis)和拟密花裸胸鳝(G.pseudothyrsoideus)分别单独聚为一个分支。<br>　　 4.本研究发现波纹裸胸鳝D-Loop序列分为三个区：终止序列区、中央保守序列区、保守序列区。得到波纹裸胸鳝中央保守区的CSB-F的关键序列为TACA TATTAT-ATGTAC ATAATGA-TAACTA，它是区分终止序列区和中央保守区的标志。<br>　　 5.在以D-Loop序列对21尾波纹裸胸鳝(G.undulatus)进行种内遗传关系的研究，构建的系统树中MP树、NJ树、UPGMA树和ME树均具有基本相同的拓扑结构。四种系统树都表明21尾个体形成两大分支，由此推断21尾个体来自两个母系祖先。本研究通过运用D-Loop序列对波纹裸胸鳝进行种内遗传关系研究发现其适合用于裸胸鳝属鱼类的种内遗传分析。<br>　　 6.本研究的序列数据显示支持黑点裸胸鳝(G.melanospilus)和黑斑裸胸鳝(G.favagineus)是同一个种。COⅡ基因序列支持这一观点：就COⅡ序列而言，两者的遗传距离仅为0.004。<br>　　 7.16SrRNA基因序列构建的三种系统树与以COⅡ基因序列构建的系统发育树差别较大，且分支点的置信度很低，说明16SrRNA基因序列不适合用于裸胸鳝属鱼类的种间进化分析。