换一批
换一批摘要能量函数的研究是计算结构生物学的重要内容。能量函数可以分为物理学能量函数和统计学能量函数。随着实验解析的结构数据越来越多，统计学能量函数得到了广泛的应用。本论文针对两个具体问题：蛋白质从头结构预测和coiled-coil结构域二聚体的相互作用预测，从发展统计学能量函数的角度来回答这两个问题。<br> 蛋白质结构预测是一个古老的问题。发展高效快速的能量函数对于蛋白质结构预测的准确度有很关键的作用。本论文基于主链4个重原子的粗粒化结构模型，通过整合4个反映蛋白质内部不同相互作用特征的能量项，发展了一个新的统计学能量函数NCACO-score。对decoy库的测试结果表明NCACO-score好于其他常用的统计学能量函数。并且NCACO-score在从头结构预测中具有很好的表现，可以达到与著名软件Robetta相当的准确度。<br> Coiled-coil二聚体由两条alpha螺旋相互缠绕而成，在许多生物学途径中都起到了关键作用，其相互作用具有很强的特异性。目前仍然缺少针对普适的coiled-coil相互作用的预测方法。本论文发展了一个针对coiled-coil的统计学能量函数CC-score，以此来指导coiled-coil二聚体结构的柔性对接过程，最后用相互作用能评估相互作用的强弱。对酵母双杂实验的测试结果表明该方法具有较好的预测效果。此方法可以用于计算上快速筛选coiled-coil相互作用的配体，以及针对coiled-coil的相互作用设计。
更多相关知识
- 浏览0
- 被引0
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
