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使用RRBS方法研究甲基化变异在肺癌发生中的作用

摘要肺癌做为所有肿瘤类型中的第一杀手,严重危害着人类的生命健康。在我国北京、天津、上海等大城市发病率已上升至恶性肿瘤的第一位,已取代肝癌成为我国首位恶性肿瘤死亡原因。与其他癌症类似,肺癌的死亡率非常高。因此,对肺癌发生发展机制的研究将为肺癌诊治提供理论依据。越来越多的证据表明遗传变异和表观遗传变异共同促进肿瘤的发生、发展,而且表观遗传变异往往先于遗传变异发生,所以可以做为肺癌早期诊断的分子标志物。有研究发现,在肺癌中,一些抑癌基因由于发生高甲基化导致其表达受抑制,可能在肺癌发生中起重要作用。但已有研究往往只关注几个或有限的一些基因,本论文利用RRBS方法在全基因组水平上对肺癌组织和癌旁正常组织DNA甲基化进行研究,希望在基因组范围内寻找可以做为肺癌诊断和治疗的靶向的甲基化变异。 <br>  RRBS是一种基于重亚硫酸盐转化的甲基化研究方法。文库富集了全基因组中的富CG区域,因此只需较少测序量就可以得到较多的DNA甲基化信息。测序数据分析显示文库覆盖了全基因组约12%的CpG序列,在CpG岛区域,覆盖度在50%以上。通过比较肺癌和癌旁的CpG岛的甲基化水平,发现441个甲基化差异区域。对甲基化差异区域进行基因注释及GO分析后发现甲基化差异基因主要与转录调控、物质运输、细胞转移、细胞生长与分化等功能类群相关,其中包含对肺癌产生起非常重要作用的6个EGF家族成员。

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学位信息:
中国科学院研究生院中国科学院大学 基础医学 基因组学(硕士) 2012年
分类号 R734.2
发布时间 2013-04-26(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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