摘要蛋白质和其他分子的相互作用是生物大分子籍以实现其功能的心要途径.两个分子经过一系列形状和化学性质的匹配,互相识别,达到相互作用的目的,完成分子结合的过程.与蛋白质折叠不同,蛋白质结合的驱动力不仅有疏水相互作用,而且亲水相互作用也起着重要的作用.决策分子识别的结构基础是功能决定族,它是分子界面上的一部分残基,在序列上是离散的.而且,它的空间构象比起它的残基组分更为重要.热力学研究方法可以深入地研究分子间相互作用的物理因素,已经可以很好地预测结合自由能的变化.分子对接用计算手法模拟了分子识别的过程,可以模建出比较精确的复合物结构.基于分子识别原理的分子设计方法,为蛋白质分子的小型化和拟肽工程提供了实现的可能.该文主要涉及由两个单体蛋白分子组成的复合物系统,介绍了分子识别的理论知识、实验方法和最新进展.并以与序列无关的结构比较方法实现了功能决定簇的检测和分子对接,讨论了建立功能决定簇数据库的意义和方法.
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