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摘要肾细胞癌(renal cell carcinoma，RCC)是泌尿系统常见恶性肿瘤，起源于近端肾小管上皮细胞。最近研究发现表观调控异常，如DNA甲基化异常修饰，microRNA(miRNA)的异常表达与调控等，都会促进肾癌的产生。5mC(5-methylcytosine)和它的氧化产物5hmC(5-hydroxymethyleytosine)已经被认为与肿瘤形成密切相关，但具体机制未知。过去采用重亚硫酸盐测序(BS-seq)得到的实际上是5mC和5hmC的二者之和;而5mC或者5hmC的修饰图谱以及两种修饰的关系至今还很不清楚;通过结合BS-seq和TAB-seq技术我们同时绘制真正的5mC和5hmC的图谱，发现和癌旁组织相比，肾癌中并没有发生大范围的5mC丢失;相反，在所有检测的肾癌样品中都存在大量的5hmC丢失;而且5hmC丢失显著的与高5mC相联系，特别是在基因体区，二者呈现此消彼长的态势;而那些在基因体区低5hmC的基因显著与肿瘤形成相关基因密切联系;进一步结合全基因组单碱基水平真正5mC和5hmC的图谱，我们发现不同类别的miRNA前体基因显示了不一样的甲基化模式，由mRNA基因intron产生的这类miRNA基因的甲基化和羟甲基化修饰显著高于独立产生miRNA的前体基因，并且在肿瘤组织中都经历和mRNA基因类似的去甲基化模式，都大量的丢失了5hmC;结合TCGA miRNA-seq数据，发现那些在肾癌中异常表达的miRNA的靶基因都显著的富集在跟肾癌发生发展的通路上，并且这些基因都不同程度在启动子区域和基因体区发生了异常的羟甲基化修饰，如MET, VEGFA基因等;综上，我们的结果表明在肾癌发生发展过程中经历了全基因组广泛的丢失5hmC，是肾癌诊断的潜在标志物;不同类别的miRNA拥有不同的表观修饰模式，且肾癌中异常表达的miRNA靶基因的异常DNA修饰可能会影响miRNA的靶向调节。