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癌症发展与胚胎发育中的RNA编辑组研究

摘要在多细胞动物中,A至I的RNA编辑是由于ADAR酶作用于RNA分子并把腺嘌呤(A)突变成次黄嘌呤(I)而产生的,这种RNA编辑可以导致蛋白质编码的改变、也可以改变基因表达的调控。多个研究表明,在一些癌症中,肿瘤组织的RNA编辑水平相比正常组织发生了明显的改变。但是,之前的对于癌症的RNA编辑研究多集中在个别癌症以及部分重要基因上,对大样本的癌症测序数据开展泛癌症的RNA编辑图谱全面绘制的研究较少,所以整个转录组层面的RNA编辑是否会影响癌变仍是未知。此外,研究表明在小鼠的胚胎发育过程中A-to-I RNA编辑扮演着重要角色,不过之前也未有研究者开展人类早期胚胎发育的RNA编辑研究。虽然这两个生物学过程看似不相关,但是它们在细胞增殖、细胞分化、细胞侵袭等方面有着显著的相似性。因此,开展了泛癌症的肿瘤RNA编辑变化分析和人早期胚胎发育的RNA编辑组动态研究。<br>  在泛癌症的RNA编辑图谱分析中,对来自9个癌种的602对肿瘤-癌旁样本,进行了RNA编辑的检测工作,共鉴定了364,715个A-to-I RNA编辑位点,其中包括来自182个基因的257个非同义突变。我们的结果显示:1)在不同的癌种间,同一癌种的不同病人之间,甚至同一肿瘤的细胞间,肿瘤相对于正常组织的RNA编辑变化具有高度的异质性;2)转录组层面的RNA编辑模式取决于ADAR的表达;3)在肾癌和肝癌病人中,整个转录组水平的RNA编辑变化会引起重要的临床表现;4)具有降解被编辑的RNA的功能的酶hEndoV可影响肿瘤病人的预后,它可能通过剪切被RNA编辑的转录本来影响肿瘤。在以上发现的基础上,提出了一个关于RNA编辑影响肿瘤发生的模型,对RNA编辑如何通过改变基因表达、蛋白质编码序列、以及miRNA对RNA调控关系来影响肿瘤的发生进行了解释。<br>  在人类早期胚胎发育的RNA编辑组研究中,分析了自29个胚胎,跨越卵子到桑椹胚时期的68个单细胞,描绘了人的胚胎早期发育过程中的RNA编辑的阶段性变化特征。与ADAR酶的表达水平变化一致的是,转录组层面的RNA编辑水平在四细胞期及其以前比较稳定,进入八细胞期后则剧烈下降,并持续下降至桑椹胚时期。鉴定了37个在胚胎发育早期的被非同义RNA编辑的基因,其中5个基因在胚胎发育早期的多个时期内经常发生非同义编辑事件。还发现,很多基因的miRNA靶向区域在一个或相邻的两个发育时期会有偏向地高频发生A-to-I的RNA编辑事件。<br>  我们的研究描绘了RNA编辑在肿瘤和人类胚胎发育早期的变化,展现了这两个生物学过程中的RNA编辑水平的显著相似性:转录组层面上的RNA编辑水平都发生了显著的改变,其产生RNA编辑的ADAR基因的表达水平也发生着显著的表达差异;促进细胞增殖的方面,肿瘤组织和胚胎细胞中有着相同的RNA编辑水平的分子机制,如发生在AZIN1的RNA编辑A1099G。我们的研究突出了RNA编辑在这两个生物学过程中的重要作用。

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导师 杨焕明
学位信息:
中国科学院大学 基础医学 基因组学(博士) 2018年
分类号 R730.21
发布时间 2018-12-13
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