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摘要微孢子虫是一类在自然环境中广泛存在的、成孢子的、专性细胞内寄生真核生物，可寄生于从原生动物到哺乳动物包括人类几乎所有动物类群。近几年，随着微孢子虫病害在中国水产经济动物（鱼、虾蟹类）频发而备受关注。自1857年第一种微孢子虫（家蚕微孢子虫Nosema bombycis）报道以来，已记录约200余属1800余种，其中一半的种类寄生于水生动物，包括鱼类、虾蟹类、浮游动物及底栖动物等。中国水生微孢子虫的研究主要来源于微孢子虫病害的报道，研究甚少，特别是水产天然饵料生物（枝角类、桡足类、水蚯蚓与摇蚊幼虫等），至今仍为空白。基于此，开展了中国水生动物微孢子虫多样性初步研究，包括几种鱼类与水产天然饵料生物。此外，还开展了国内危害严重的梭子蟹“牙膏病”病原梭子蟹肌孢虫（Ameson portunus）全基因组测序，完成组装与初步分析。研究结果如下:<br>　　1.发现4种鱼类微孢子虫，即格留虫待定种（Glugea sp.）、石斑鱼肠孢虫（Enterospora epinephelin.sp.）、石斑鱼洛姆虫（Loma epinepheli n.sp.）与翘嘴拟卡巴塔那虫（Pseudokabatana alburnusn.gen.n.sp.）。其中，格留虫待定种寄生于三种海水鱼类（黄鳍鲷Acanthopagrus latus、黄姑鱼Nibea albiflora与珍珠龙胆Epinephelus lanceolatus♂×Epinephelus fuscoguttatus♀），不同宿主分离株间孢子大小与各发育阶段超微结构特征存在差异，但多个基因（包括核糖体基因、几丁质蛋白基因与微管蛋白基因等9个保守基因与孢壁蛋白基因7等3个进化速率较快的基因）两两间序列相似性均大于99％;多基因系统发育树显示黄鳍鲷分离株位于进化枝基部，揭示其可能为较早分化株，而黄姑鱼分离株与石斑鱼分离株分化较晚。石斑鱼肠孢虫寄生于多种石斑鱼苗种肠道上皮细胞核内，导致宿主白便、瘦身及厌食等症状，其生活史与各发育阶段超微结构特征与肠孢虫吻合，是中国报道首例鱼类肠孢虫。石斑鱼洛姆虫寄生于珍珠龙胆成鱼胃壁，形成肉眼可见的白色异瘤体，在中国南海石斑鱼养殖区域流行，是国内报道的第一种洛姆虫。此外，还发现一种淡水鱼类微孢子虫，寄生于翘嘴红鲌（Culter alburnus）肝脏，其特征与现有的鱼类微孢子虫差异显著，鉴定为一新属新种，命名为翘嘴拟卡巴塔那虫。<br>　　2.对包括枝角类、桡足类、摇蚊幼虫及水蚯蚓等水产天然饵料生物微孢子虫多样性进行初步调查，发现感染羽摇蚊幼虫3种，苏氏尾鳃蚓5种，枝角类与桡足类均没有发现感染。羽摇蚊幼虫寄生的3种微孢子虫中，Neoperezia semenovaiae为中国首次记录种;其它两种分别为羽摇蚊微孢子虫待定种（Microsporidium sp.）和摇蚊吉荣虫(Jirovecia chironomi n.sp.)。寄生于苏氏尾鳃蚓的5种微孢子虫中，2种为吉荣虫（Jirovecia）新种，即中华吉荣虫(J.sinensis n.sp.)和尾鳃吉荣虫（J.branchialn.sp.），2种为杆状虫（Bacillidium）新种，即中华杆状虫（B.sinensisn.sp.）和尾鳃杆状虫（B.branchialn.sp.），1种与已报道的种属均显著不同，建立一新属新种，即蔡甸寡孢虫(Oligospora caidianensis n.gen.n.sp.)。本文首次开展了中国水产天然饵料生物微孢子虫多样性初步研究，共发现6新种，建立一新属。此外，首次获得了吉荣虫的分子数据，对后续探讨该属的起源与进化奠定了基础。<br>　　3.利用PacBio测序平台，对危害严重的梭子蟹“牙膏病”病原梭子蟹肌孢虫(Ameson portunus)进行全基因组测序。组装基因组大小为24.3Mb，GC含量为27.5％，共编码5453个基因。转座子含量丰富，占基因组大小的45.9％，其中，逆转座子最为丰富，且Gypsy类型最多，占全部转座子的68.0％。进一步分析发现转座子与基因的分布呈现强烈的负相关，不同类型的转座子插入基因组的位置偏好性不同，转座子相关基因富集于158个Pathway上，表明这些转座子可能在生物体内多个生物途径发挥作用。另外，共鉴定出42个水平转移基因，其中，来源于后生动物25个，细菌13个，古菌3个，主要参与营养物质相关的代谢途径。