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摘要肺炎克雷伯菌是肠杆菌科克雷伯氏菌属中常见的条件致病菌。由于广谱抗菌药物及碳青霉烯类抗生素的广泛使用，碳青霉烯酶耐药肺炎克雷伯菌（Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CRKP）已出现并快速在全世界范围播散盛行。CRKP感染造成多种抗生素失效，给人类健康带来了极大的威胁。中国CRKP感染情况较为严峻，科研人员对其分子流行病学规律进行了大量探索，但迄今为止，关于CRKP的研究依然停留在对耐药基因分布情况及耐药菌株传播情况的描述，对于全方位、大规模剖析耐药基因、转座元件、耐药质粒类型以及宿主四者之间的关系及规律研究甚少，迫切需要细致描绘中国CRKP的耐药现状，精准刻画耐药基因传播过程中的动态规律，为CRKP的精准有效控制提供可行方案。<br>　　本研究收集了2009-2017年全国26个省份70家医院的420株CRKP，采用二代、三代基因组测序及生物信息学手段对CRKP的分子流行病学及遗传背景深入剖析。420株CRKP富含48种ST型别，包含8种新ST型别，其中ST11占有主导地位，占比70.95％。CRKP耐药性很强，药敏试验表明其对新一代头孢菌素、喹诺酮类及硝基呋喃类药物耐药率都很高，但对氨基糖苷类以及磺胺类药物耐药率较低。临床治疗CRKP时可以选择此两种药物与特定药物组合作为候选药物。ST11型别CRKP耐药种类数显著高于Non-ST11型别菌株。药物组合分析表明ST11与Non-ST11推荐候选治疗用药不同:阿米卡星与复方新诺明两种药物组合可作为治疗ST11型CRKP候选药物组合;阿米卡星和头孢替坦联用或阿米卡星和呋喃妥因联用可作为治疗Non-ST11型别CRKP感染候选药物。CRKP菌株平均携带16个耐药基因，有些耐药基因在不同型别菌株中所占比例有显著差异。综合以上CRKP的表型和基因型分析，提示在临床诊断与治疗CRKP过程中，应考虑病人特征信息以及菌株表型和基因型信息，从而精准用药。<br>　　420株CRKP所含碳青霉烯耐药基因有三种即blaKPC，blaNDM以及blaIMP，其中blaKPC占比高达88.57％。耐药基因与菌株型间有强相关性，blaKPC主要由ST11型别的菌株携带，blaNDM主要位于ST147等型别菌株，blaIMP主要是ST307等型别菌株携带，分布差异具有显著性。本研究共鉴定到377个blaKPC阳性质粒，通过测序手段获得新的69个blaKPC阳性质粒序列，为后续blaKPC质粒的研究提供了reference。blaK PC所在质粒共有25种类型，IncFIIpHN7A8家族占比最高为67％，与国外研究结果报道最主要IncF型别质粒是IncFIIK型别的质粒不同的是，中国的主要流行的型别是IncFIIpHN7A8型别质粒。<br>　　IncFIIpHN7A8家族质粒和IncFII0716∶IncpA1763-KPC质粒对ST11菌株匹配适应性很高，而IncFIIK∶pKPHS2∶IncpA1763-KPC型别的质粒除了少数在ST11型别的菌株中存在，还存在于多种其他的型别菌株中，暗示着该型质粒适应性十分广泛。blaKPC阳性质粒型与菌株系统发生树关联分析表明，质粒类型分布与菌株进化之间有很强匹配性。CG258中最大分支clade1几乎都是IncFIIpHN7A8家族质粒，clade1.1主要是IncFIIpHN7A8与IncFIIpHN7A8∶IncR，clade1.2上全部是IncFIIpHN7A8∶IncpA1763-KPC型质粒;clade2主要是IncFII0716∶IncpA1763-KPC型质粒;clade3全部是IncFII0716∶IncpA1763-KPC型质粒。此外，分析发现不同类型质粒所携带的基因有较大区别，可能导致其菌株适应性不同，质粒特异性基因给CRKP的治疗提供了新靶点，新思路。<br>　　CG258型别CRKP菌株贝叶斯skyline显示，在2007-2008年中国CRKP呈现一个快速增长的状态。CRKP在爆发式增长之后处于平缓下降趋势，但在2012年出现明显的上升趋势，尽管CRKP从2012年之后呈现一个缓慢下降的趋势，发现在2016-2017年左右，CRKP又呈现了上升的趋势。中国CRKP的扩张趋势分析表明CRKP种群大小呈现动态变化趋势，碳青霉烯类药物使用与肺炎克雷伯获得耐药以及传播之间互相竞争，造成了该动态变化的结果。<br>　　本研究描绘了中国CRKP耐药现状，阐明了不同型别菌株耐药差别;针对不同型别菌株推荐了合适的治疗药物组合;锁定了治疗CRKP新的潜在基因靶点;揭示了耐药基因、转座元件、耐药质粒和菌株之间是属于互相选择，互相适应，互相依赖，环环相扣的关系。四者联合形成“最成功”的菌株，以菌株携带质粒克隆化传播方式，使CRKP广泛传播，导致CRKP感染疾病成为公共卫生的重大威胁。本研究为进一步了解中国CRKP的流行提供了理论依据，为精准有效促进CRKP的检、防、治、消的发展提供了新的视角。