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KDM2A和KDM2B调控CpG岛DNA甲基化的功能研究

摘要哺乳动物基因组的正常甲基化模式的建立在DNA-蛋白质相互作用、染色质的结构与稳定、胚胎发育等生物学过程中至关重要。DNA甲基化与基因沉默有关,并且在诸如转录、X染色体失活、基因印记等事件中起重要作用。CpG岛(CpG Island,CGI)具有独特的低DNA甲基化,低H3K36me2以及高H3K4me3的染色质环境。H3K27me3富集在不活跃基因的启动子CGI上,并且部分与H3K4me3共存。CGI低甲基化状态的维持具有重要的生物学意义。然而,我们对此机制的研究还非常有限。<br>  组蛋白H3赖氨酸K36去甲基化酶KDM2(KDM2A和KDM2B)通过CxxC结构域普遍结合在90%以上的CGI。我们猜测KDM2A,KDM2B在CGI上的占据及对这些位点低H3K36me2水平的维持可能在维持CGI的低甲基化状态中发挥重要作用。因此本论文构建了敲除Kdm2a,敲除Kdm2b,双敲除Kdm2a/2b及点突变二者H3K36me2去甲基化酶的催化结构域JmjC的小鼠胚胎干细胞系,分析其基因组在CGI区域DNA甲基化水平变化,并进一步对Kdm2a,Kdm2b双敲除和JmjC点突变细胞系的H3K36me2水平变化进行分析。<br>  结果表明,首先,我们成功构建了所有细胞系,并且在标准血清培养下所有细胞系的表型和干性基本正常。然后应用这些细胞系,我们发现KDM2A和KDM2B协同调控CGI区域的DNA甲基化,敲除Kdm2a,Kdm2b及点突变二者的H3K36me2去甲基酶催化结构域JmjC都使CGI平均甲基化水平略升高,平均约从3%升高到5.5%,而在CpG岛岸中心甲基化水平升高更明显,约从28%升高到39%。通过对不同染色质状态的CGI进行分类分析,发现KDM2A和KDM2B对CGI甲基化的影响与特定染色质环境有关。在双敲除Kdm2a/2b细胞系中DNA甲基化升高水平超过5%的CGI里,KDM2A和KDM2B对没有H3K4me3和H3K27me3修饰的CGI区域DNA甲基化影响最大,平均甲基化水平升高了22%,DNA甲基化升高的CGI上数量占比也明显增加,从2%增加到14%;仅有H3K27me3修饰的CGI区域KDM2对DNA甲基化影响较大,平均甲基化水平升高了19%,数量占比从2%增加到9%。仅有H3K4me3修饰的CGI区域KDM2对DNA甲基化影响较小,平均甲基化水平升高了19%,然而DNA甲基化升高的CGI数量占比从54%减少到17%。两种修饰都有的CGI区域KDM2对DNA甲基化影响最小,虽然数量占比从42%增加到60%,但是平均甲基化水平升高的程度最低(12%)。同时,KDM2A和KDM2B调控的H3K36me2的变化与双敲除Kdm2a和Kdm2b的DNA甲基化变化正相关。<br>  综上所述,我们认为在胚胎干细胞中,当CGI上有H3K27me3或H3K4me3修饰的时候,KDM2A/2B占据了低或不甲基化的CGI,H3K4me3能抵抗DNMTs的作用,H3K27me3能拮抗H3K36me2,使得CGI处于较低的甲基化水平,所以即使敲除Kdm2a/2b,也难以使DNA甲基化水平显著升高。但在没有H3K27me3或H3K4me3修饰的CGI,仅有KDM2蛋白占据,一旦敲除Kdm2a/2b就很容易打破低甲基化状态,使该区域的甲基化水平显著上升。我们的研究揭示了KDM2A/KDM2B协同调控CpG岛DNA低甲基化状态的机制,为进一步研究CGIDNA甲基化模式的作用机制提供了新的线索及理论依据。

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导师 陆发隆
学位信息:
中国科学院大学 基础医学 遗传学(硕士) 2020年
分类号 Q953
发布时间 2020-11-16
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