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摘要树鼩（Tupaia belangeri），属于攀鼩目(Scandentia)，是一种体型外貌与松鼠相似的小型哺乳动物，其具有饲养成本低，生长和繁殖周期短，饲养环境下繁殖不受季节影响，与灵长类亲缘关系近等特点，是极具潜力的新型实验动物。<br>　　树鼩可以感染乙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒，因此被用于病毒性肝炎等研究。此外，树鼩相比于小鼠，与灵长类的亲缘关系更近，具有更大的脑体比，是研究抑郁症、阿尔茨海默病等神经系统疾病的理想模型。同时，树鼩也可以用来研究肿瘤和代谢相关疾病。<br>　　虽然树鼩具有很多优势，有望成为可替代猕猴等灵长类动物的理想的动物模型，但作为一种新兴实验动物，树鼩要成为被广泛认可、被大量运用的动物模型，还需要很多基础数据的积累和支持。<br>　　当前组学技术的发展为树鼩基础数据的积累提供了极好的契机。本实验室前期通过三代测序，解析了树鼩的基因组，获得了染色体水平的基因序列与结构信息，对树鼩的分子生物学相关研究提供了重要的第一手资料。但是，目前其基因组注释信息还不甚完善，组织表达谱、特异转录本等未进行全面深入研究，制约了树鼩在疾病机理和药物开发研究中的应用，因此相关的研究亟待开展。<br>　　本论文试图从两个层面开展树鼩转录组分析，推动上述问题的解决。我们首先对一只中缅树鼩的混合组织样本进行了三代全长转录组测序(Single-Molecule Real-Time Sequencing，SMRT-seq)，以获得树鼩基因转录本的全貌，以辅助树鼩基因组注释。然后，我们通过二代转录组测序(RNA sequencing)，获得树鼩12个组织（心脏、肝脏、脾、肺、肾脏、小肠、肌肉、卵巢/睾丸、全脑、皮层、海马）的表达谱，并进行了组织特异及物种特异基因的研究。具体分析包括以下四个方面:1）我们基于SMRT-seq获得了近四万条全长转录本，并对转录本进行了细致的分析。2）对获得的全长转录本数据进行新注释基因和新注释转录本的预测，得到了1695个新注释基因和14040个已注释基因的新注释转录本，丰富了树鼩基因组的注释信息。3）在此基础上，对各组织的RNA-seq数据进行分析，获得了每个组织的表达谱和组织特异性表达的转录本。特异性转录本数目最多的组织是睾丸，最少的是肺。在精确注释的基因组信息的指导下，我们能够得到更多的组织特异性转录本。4）对树鼩、人、猕猴和小鼠的基因序列进行比对，并与已发表的灵长类动物特异的基因求交集，获得了树鼩与人、猕猴等灵长类动物相对于小鼠特有的基因3个，对其功能进行查询，结果显示这几个基因与肿瘤等疾病相关。这些基础数据的积累和解析，有利于推动树鼩应用于生物医药模型研究的进程。<br>　　综上所述，我们对树鼩转录组进行了系统的研究，丰富了基因组注释信息。同时，我们获得了树鼩各组织表达谱以及各组织特异表达的基因和转录本，研究了物种特异表达的基因，为树鼩在疾病机理研究中的应用提供了重要的提示信息。