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摘要作为最早被人类驯化的动物和人类重要伴生动物，家犬（Canis lupus familiaris）对多个学科领域都具有重要研究意义，已发展成研究人工选择在家养动物驯化中作用机制的最佳模式动物之一。基于考古学与遗传学的研究均表明，家犬由灰狼驯化而来，起源中心可能在东亚、中东及欧洲，但至今仍无定论;关于家犬最早的驯化时间也存在较大争议。相较于现生动物，古代材料的遗传信息能够提供更大时空背景下的遗传特点和演化信息。进行古DNA提取的材料主要集中于骨骼样本，已经有比较成熟的古DNA提取和测序方法，但本次研究还涉及有陈旧皮张样品，此前的DNA提取方法并不适用，需要进行改良。本研究设计实验进行陈旧皮张的古DNA提取，对实验结果进行评估，寻找出最优方法，完成陈旧皮张样品的DNA提取。<br>　　基于改良的陈旧皮张DNA提取方法，本次研究开展了中国南方狼皮样本的全基因组研究，并结合欧亚大陆及北美的狼的基因组数据进行联合分析，发现中国南方的狼形成一个单独支系，从西藏狼和中国北方狼中独立出来;而且还发现犬属动物存在种间的基因交流，浙江狼具有其他犬科动物约12～14％的基因组分，暗示种间的基因交流对犬属动物的物种形成模式和种群结构塑造起到关键作用。<br>　　古代家犬线粒体基因组的研究可能能够为家犬在中国的起源与扩散提供一些启发，所以本研究首次系统地开展了中国古代家犬线粒体基因组研究，成功获取了27例发现于长江黄河流域约7，000～2，000年前的犬科动物线粒体基因组（包括1例灰狼和26例家犬）。虽然研究的结果仍无法回答家犬的起源问题，但发现大多数家犬属于A1b单倍型，与现生的澳洲野犬及太平洋岛屿殖民时代之前的家犬直接相关。本研究推测A1b单倍型的家犬曾广泛分布于长江黄河流域并占据主导地位，后期扩散到中国南方、东南亚、新几内亚、澳大利亚及太平洋的岛屿上。现代中国北方地区家犬的线粒体基因组单倍型主要为A1a，与2，000年以前的家犬相差很大，中国北方地区的家犬至少在2，000年以来，经历了较大的种群替换。<br>　　解决中国家犬起源这一重大科学问题，还需要加入古基因组的研究。本研究获得中国古代家犬全基因组范围数据4例，分别来自于甘肃、青海、陕西和西藏。研究结果表明中国古代出现在北方地区的家犬样品与现在出现在中国南方地区的家犬更为接近，而与北方家犬反而较远;中国古代家犬中有明显的3.5万年前Taimyr-like的基因成分，这表明可能与Taimyr狼相关的群体可能给中国古代北方的家犬的祖先贡献过基因;陕西的个体线粒体类型表现为狼，而其基因组数据显示这一个体是狼与家犬混合的个体，这一结果提示在古代家犬与灰狼的混合比想象的更为常见。但以现有的研究结果不足以明确家犬起源地，还需要更广泛地开展古代样品取样进行线粒体和全基因组分析，才可能从根本上回答这一重要的科学问题。